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- PDB-1zuw: Crystal structure of B.subtilis glutamate racemase (RacE) with D-Glu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zuw
タイトルCrystal structure of B.subtilis glutamate racemase (RacE) with D-Glu
要素glutamate racemase 1グルタミン酸ラセマーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / glutamate racemase (グルタミン酸ラセマーゼ) / (R)-glutamate / Peptidoglycan biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


amino-acid racemase activity / グルタミン酸ラセマーゼ / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
グルタミン酸ラセマーゼ / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / ロスマンフォールド ...グルタミン酸ラセマーゼ / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Asp/Glu racemase, active site 2 / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタミン酸 / Glutamate racemase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ruzheinikov, S.N. / Taal, M.A. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Substrate-Induced Conformational Changes in Bacillus subtilis Glutamate Racemase and Their Implications for Drug Discovery
著者: Ruzheinikov, S.N. / Taal, M.A. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Expression, purification and preliminary X-ray analysis of crystals of Bacillus subtilis glutamate racemase
著者: Taal, M.A. / Sedelnikova, S.E. / Ruzheinikov, S.N. / Baker, P.J. / Rice, D.W.
履歴
登録2005年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glutamate racemase 1
B: glutamate racemase 1
C: glutamate racemase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5296
ポリマ－90,0883
非ポリマー4413
水14,502805
1
A: glutamate racemase 1
C: glutamate racemase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3534
ポリマ－60,0592
非ポリマー2942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area21240 Å2
手法PISA
2
B: glutamate racemase 1
ヘテロ分子

B: glutamate racemase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3534
ポリマ－60,0592
非ポリマー2942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)134.120, 60.274, 125.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.34, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2306-

HOH

21C-3513-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer generated by chains A and C in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y-1, z-1 and -x+y, -x-1, z-l.

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要素

#1: タンパク質 glutamate racemase 1 / グルタミン酸ラセマーゼ / E.C.5.1.1.3


分子量: 30029.326 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: racE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94556, グルタミン酸ラセマーゼ
#2: 化合物 ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸 / グルタミン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 805 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16% PEG 3350, 0.2 M di-Ammonium tartrate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX14.111.488
シンクロトロンESRF ID14-42
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→10 Å / Num. obs: 82597 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 4205 5.1 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs-82597 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.57 Å20 Å2-3.122 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----2.793 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6029 0 30 805 6864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.3793.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.1294
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.0684
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.8374.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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