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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zsz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a computationally designed SspB heterodimer | ||||||
要素 | (Stringent starvation protein B homolog) x 3 | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / protein design (タンパク質設計) / AAA / adaptor / specificity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Bolon, D.N. / Grant, R.A. / Baker, T.A. / Sauer, R.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005 タイトル: Specificity versus stability in computational protein design. 著者: Bolon, D.N. / Grant, R.A. / Baker, T.A. / Sauer, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zsz.cif.gz | 78.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zsz.ent.gz | 58.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zsz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/1zsz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ou9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | chain b and c compose one biological unit, while chain A, forms a dimer across a crystal axis (to a crystallographically related chain A) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12511.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: sspB / プラスミド: pET21, pACYCDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / 参照: UniProt: P45206 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 12578.135 Da / 分子数: 1 / Mutation: A15S,Y16L,V101A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: sspB / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / 参照: UniProt: P45206 | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 14769.420 Da / 分子数: 1 / Mutation: L12Y,A15G,Y16F,V101M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: sspB / プラスミド: pACYCDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3) / 参照: UniProt: P45206 | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: PEG 6000, CaCl2, sodium cacodylate, KCl, glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 28612 / Num. obs: 28612 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ou9 chain A 解像度: 2→29.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 432252.67 / Data cutoff high rms absF: 432252.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Chain A forms a dimer across a crystal axis and is an average of chains B and C. During refinement, residues which are different in chains B and C, were modeled with truncated side chains in ...詳細: Chain A forms a dimer across a crystal axis and is an average of chains B and C. During refinement, residues which are different in chains B and C, were modeled with truncated side chains in chain A. The side chains for these residues are present in the chains B and C. The B/C dimer shows the asymmetric packing at the dimer interface that was introduced by computational design and was the focus of this study.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.2607 Å2 / ksol: 0.352752 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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