PDB-1zpl: E. coli F17a-G lectin domain complex with GlcNAc(beta1-O)Me

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zpl

タイトル

E. coli F17a-G lectin domain complex with GlcNAc(beta1-O)Me

要素

F17a-G

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) / FIMBRIAE /

LECTINS (レクチン) / BACTERIAL ADHESION / PROTEIN-SUGAR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

adhesion of symbiont to host /

性繊毛 /

carbohydrate binding /

細胞接着
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Buts, L. / Wellens, A. / Van Molle, I. / Wyns, L. / Loris, R. / Lahmann, M. / Oscarson, S. / De Greve, H. / Bouckaert, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Impact of natural variation in bacterial F17G adhesins on crystallization behaviour.
著者: Buts, L. / Wellens, A. / Van Molle, I. / Wyns, L. / Loris, R. / Lahmann, M. / Oscarson, S. / De Greve, H. / Bouckaert, J.

履歴

登録	2005年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年10月5日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zpl.cif.gz	89 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zpl.ent.gz	66 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zpl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/1zpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/1zpl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zk5C 2bs7C 2bs8C 2bsbC 2bscC 1o9vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zk5-d 2bs8-d 3f64-d 2bs7-d 1o9z-d 3f6j-d 6min-d 6g2s-4 1o9v-d 6s09-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: F17a-G

B: F17a-G

ヘテロ分子

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: F17a-G

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: F17a-G

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.805, 42.805, 288.244
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質

F17a-G

分子量: 19048.227 Da / 分子数: 2 / 断片: lectin domain (residues 23-199) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 解説: expression vector with a T7 promotor / 遺伝子: F17G AF022140 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: Q99003

#2: 糖

ChemComp-MAG / methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside / BETA-METHYL-N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucoside / methyl 2-acetamido-2-deoxy-D-glucoside / methyl 2-acetamido-2-deoxy-glucoside / メチル2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-グルコピラノシド /

メチル基

タイプ: D-saccharide / 分子量: 235.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₉H₁₇NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAc[1Me]b	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
1-methyl-N-acetyl-b-D-glucopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-methyl-N-acetyl-D-glucosamine	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% (v/v) isopropanol, 20% (w/v) PEG 4000, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月1日
放射	モノクロメーター: ESRF ID14-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 35422 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.335 / % possible all: 70

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 1O9V CHAIN A

1o9v

解像度: 1.7→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.2544	-	random
R_work	0.2077	-	-
all	0.2123	18291	-
obs	0.2123	18291	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2546	0	32	493	3071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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