+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zh5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural basis for recognition of UUUOH 3'-terminii of nascent RNA pol III transcripts by La autoantigen | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/RNA / TRANSCRIPTION-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / tRNA modification / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal ...nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / tRNA modification / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal / sequence-specific mRNA binding / poly(U) RNA binding / tRNA processing / positive regulation of translation / cytoplasmic stress granule / tRNA binding / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Teplova, M. / Yuan, Y.R. / Ilin, S. / Malinina, L. / Phan, A.T. / Teplov, A. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006 タイトル: Structural Basis for Recognition and Sequestration of UUU(OH) 3' Temini of Nascent RNA Polymerase III Transcripts by La, a Rheumatic Disease Autoantigen. 著者: Teplova, M. / Yuan, Y.R. / Phan, A.T. / Malinina, L. / Ilin, S. / Teplov, A. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zh5.cif.gz | 105.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1zh5.ent.gz | 85.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zh5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/1zh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/1zh5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2787.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 23038.621 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal domain (residues 1-194) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05455 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 8000, lithium sulfate, potassium chloride, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| |||||||||||||||
検出器 |
| |||||||||||||||
放射 |
| |||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 42919 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 14.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4221 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 5.914 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.172 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.92 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|