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万見
- PDB-1yih: T-to-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaP100... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yih
タイトルT-to-T(High) quaternary transitions in human hemoglobin: betaP100A oxy (2.2MM IHP, 20% PEG) (1 test set)
要素
  • Hemoglobin alpha chain
  • Hemoglobin beta chain
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HEMOGLOBIN MUTANT / GLOBIN (グロビン) / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystallographic evidence for a new ensemble of ligand-induced allosteric transitions in hemoglobin: the T-to-T(high) quaternary transitions.
著者: Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
履歴
登録2005年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN AN IHP MOLECULE WAS NOT ADDED TO THE MODEL SINCE NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS ...HETEROGEN AN IHP MOLECULE WAS NOT ADDED TO THE MODEL SINCE NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS FOUND AT ITS BINDING SITE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin alpha chain
B: Hemoglobin beta chain
C: Hemoglobin alpha chain
D: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,68712
ポリマ－62,0934
非ポリマー2,5948
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.900, 99.500, 66.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細the crystallographic asymmetric unit in this entry is an alpha2beta2 tetramer. the crystallograpic asymmetric unit and the biological unit are equivalent

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood血液 / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin beta chain


分子量: 15896.228 Da / 分子数: 2 / Mutation: V1M, P100A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
解説: EXPOSING DEOXY CRYSTAL TO LIGAND: A DEOXY CRYSTAL WAS SOAKED (UNDER 1 ATM NITROGEN) IN SUBSTITUTE MOTHER LIQUOR CONTAINING 20% PEG 6000, 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE (PH 7.0), 100 MM POTASSIUM ...解説: EXPOSING DEOXY CRYSTAL TO LIGAND: A DEOXY CRYSTAL WAS SOAKED (UNDER 1 ATM NITROGEN) IN SUBSTITUTE MOTHER LIQUOR CONTAINING 20% PEG 6000, 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE (PH 7.0), 100 MM POTASSIUM CHLORIDE, AND 2.2 MM IHP. THE IHP-STABILIZED CRYSTAL WAS THEN EXPOSED TO 1 ATM OF OXYGEN AT 177K AND DATA WAS COLLECTED AT 169K.
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 6000, 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 100 MM POTASSIUM CHLORIDE, 3 MM SODIUM DITHIONITE, 10 MG/ML DEOXYHB, 1 ATM N2, pH 7.0, batch, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 169 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月25日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30.715 Å / Num. obs: 38030 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2→2.16 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 6877 / % possible all: 77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y7C

1y7c


解像度: 2→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2804 8.3 %MATCHED TO PDB ENTRY 1Y7C
Rwork0.183 ---
all-36548 --
obs-36502 87.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4382 0 180 192 4754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0430.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.1040.1
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.0313
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.3984
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.8996
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1470.08
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1670.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1690.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1850.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.45
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor3225
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2-2.160.233750.255X-RAY DIFFRACTION6440
2.16-2.370.2646120.216X-RAY DIFFRACTION6832

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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