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- PDB-1a00: HEMOGLOBIN (VAL BETA1 MET, TRP BETA37 TYR) MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a00
タイトルHEMOGLOBIN (VAL BETA1 MET, TRP BETA37 TYR) MUTANT
要素
  • HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
  • HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / ISOMORPHOUS WITH DEOXYHEMOGLOBIN A / 解像度: 2 Å
データ登録者Kavanaugh, J.S. / Arnone, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: High-resolution crystal structures of human hemoglobin with mutations at tryptophan 37beta: structural basis for a high-affinity T-state,.
著者: Kavanaugh, J.S. / Weydert, J.A. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: High-Resolution X-Ray Study of Deoxyhemoglobin Rothschild 37 Beta Trp-->Arg: A Mutation that Creates an Intersubunit Chloride-Binding Site
著者: Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Case, D.A. / Arnone, A.
履歴
登録1997年12月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
B: HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)
C: HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)
D: HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5658
ポリマ－62,0994
非ポリマー2,4664
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area23360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.100, 112.000, 63.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.95067, -0.05056, 0.30605), (-0.0512, -0.99867, -0.00594), (0.30594, -0.01002, -0.952)
ベクター: 5.59928, 90.78605, -20.34795)

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN (ALPHA CHAIN)


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: RED BLOOD CELL / 遺伝子: HUMAN BETA GLOBIN / 器官: BLOOD / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN BETA GLOBIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN (BETA CHAIN)


分子量: 15899.228 Da / 分子数: 2 / Mutation: V1M, W37Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: RED BLOOD CELL / 遺伝子: HUMAN BETA GLOBIN / 器官: BLOOD / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN BETA GLOBIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
解説: BV1M STRUCTURE IN ENTRY 1A0Z WAS USED AS THE STARTING MODEL FOR RIGID BODY REFINEMENT WITH X-PLOR FOLLOWED BY LEAST-SQUARES REFINEMENT WITH PROLSQ.
結晶化pH: 7
詳細: 10.5% PEG 6000 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0 100 MM POTASSIUM CHLORIDE 3 MM SODIUM DITHIONITE
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMpotassium phosphate11
2100 mM11KCl
33 mMsodium dithionite11
410.0 %PEG600011
510 mg/mlhemoglobin11

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月31日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 40226 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 86.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 237463

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH DEOXYHEMOGLOBIN A
開始モデル: BV1M STRUCTURE, PDB ENTRY 1A0Z.

1a0z


解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE STARTING MODEL FOR REFINEMENT WAS THE BV1M STRUCTURE IN PDB ENTRY 1A0Z.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 3470 10 %RANDOM
Rwork0.169 ---
all-44641 --
obs-34844 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4382 0 172 216 4770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0490.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.53
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it8.84
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it12.36
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.01
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1430.08
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1720.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1680.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1750.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.85
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor32.425
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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