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- PDB-1y1s: Crystal Structure of the Uridine Phosphorylase from Salmonella Ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y1s
タイトルCrystal Structure of the Uridine Phosphorylase from Salmonella Typhimurium in Complex with Uracil and Sulfate Ion at 2.55A Resolution
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / nucleoside phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine phosphorylase / nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / nucleoside catabolic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ウラシル / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Gabdoulkhakov, A.G. / Dontsova, M.V. / Kachalova, G.S. / Betzel, C. / Ealick, S.E. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Salmonella Typhimurium Uridine Phosphorylase in Native and Three Complexes Forms - with Uridine, Uracil and Sulfate.
著者: Gabdoulkhakov, A.G. / Dontsova, M.V. / Kachalova, G.S. / Betzel, C. / Ealick, S.E. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2004年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,15117
ポリマ－163,0156
非ポリマー1,13711
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23650 Å2
ΔGint-217 kcal/mol
Surface area45540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.990, 124.120, 133.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase / / UrdPase / UPase


分子量: 27169.092 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
生物種: Salmonella typhimuriumSalmonella enterica subsp. enterica
株: lt2 / 遺伝子: UDP / プラスミド: pbluescript iisk / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 de3 / 参照: UniProt: P0A1F6, uridine phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-URA / URACIL / ウラシル / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG 4000, SODIUM-ACETATE TRIHYDRATE, uracil, ammonium sulphate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→26.84 Å / Num. obs: 47348 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.6 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique all: 2584 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
MOLREPV. 7.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry SJ9

解像度: 2.55→26.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 4188699.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2357 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.191 ---
obs0.189 47136 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.0182 Å2 / ksol: 0.340649 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→26.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11256 0 70 218 11544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.91.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.962.5
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 385 5 %
Rwork0.269 7265 -
obs-7650 95.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2URA.PARAMURA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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