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- PDB-5m2t: X-ray structure of uridine phosphorylase from Vibrio cholerae in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m2t
タイトルX-ray structure of uridine phosphorylase from Vibrio cholerae in complex with uridine at 1.03 A resolution
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Prokofev, I.I. / Lashkov, A.A. / Gabdulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
RFBR14-04-00952a ロシア
Grant of President of Russian FederationMK-9246.2016.3 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of uridine phosphorylase from Vibrio cholerae in complex with uridine at 1.03 A resolution
著者: Prokofev, I.I. / Lashkov, A.A. / Gabdulkhakov, A.G. / Dontsova, M.V. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2016年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,48723
ポリマ－162,6546
非ポリマー1,83317
水31,5081749
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25710 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area45740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.323, 72.039, 89.193
Angle α, β, γ (deg.)110.560, 107.530, 85.830
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 27108.994 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: udp, udp_1, B2J67_05455, B2J68_05210, B2J71_05165, BFX32_04820, BTY66_05555, CEF09_03900, DN30_1909, EN12_05055, ERS013138_02408, ERS013140_00580, ERS013186_00327, ERS013199_00063, ...遺伝子: udp, udp_1, B2J67_05455, B2J68_05210, B2J71_05165, BFX32_04820, BTY66_05555, CEF09_03900, DN30_1909, EN12_05055, ERS013138_02408, ERS013140_00580, ERS013186_00327, ERS013199_00063, ERS013201_00032, ERS013202_00369, ERS013206_00377
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K4U1, uridine phosphorylase

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非ポリマー , 6種, 1766分子

#2: 化合物
ChemComp-URI / URIDINE


分子量: 244.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG4000, 0.1M TRIS-HCl, 0.2M MgCl2x6H2O

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.886 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→79.792 Å / Num. all: 658820 / Num. obs: 658820 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 8.55 Å2 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.094 / Rsym value: 0.079 / Net I/av σ(I): 4.9 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 2282101
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.03-1.093.50.8720.9320758922380.5461.0320.8721.789.3
1.09-1.153.30.5181.4293795888010.3360.620.5182.990.9
1.15-1.233.60.3652301384846060.2260.4310.3654.292.2
1.23-1.333.50.2712.4283587802170.1680.320.2715.693.7
1.33-1.463.50.1783.7259094742800.1120.2110.1787.294.6
1.46-1.633.60.1096.2247229678620.0670.1280.10910.495.5
1.63-1.883.40.0739.2201548598620.0470.0880.07313.795.6
1.88-2.33.50.05611.3176716509310.0350.0660.05619.196.2
2.3-3.263.30.05111.5128262387850.0330.0610.05121.895
3.26-46.2063.30.04713.369728212380.030.0560.04724.194.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.533
最高解像度最低解像度
Rotation46.21 Å2.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K6O

4k6o


解像度: 1.03→44.462 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 12.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1374 6558 1 %
Rwork0.1177 652201 -
obs0.1179 658759 93.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.21 Å2 / Biso mean: 16.6091 Å2 / Biso min: 4.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.03→44.462 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11285 0 20 1762 13067
Biso mean--29.29 33.61 -
残基数----1515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01313466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35618478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1052113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4985187
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.03-1.04170.24822090.2622206872089689
1.0417-1.0540.26682010.2482206702087189
1.054-1.06680.23262090.2356207802098989
1.0668-1.08030.24062170.2274210142123190
1.0803-1.09450.232090.2136211952140491
1.0945-1.10950.21112020.2005211862138891
1.1095-1.12540.20422090.1892211832139291
1.1254-1.14220.19332170.1737211892140691
1.1422-1.160.18982170.1633213562157391
1.16-1.17910.17662210.1482213712159292
1.1791-1.19940.15012360.1353214612169792
1.1994-1.22120.14692260.127216762190293
1.2212-1.24470.12752130.1185216022181593
1.2447-1.27010.14862260.1126218352206194
1.2701-1.29770.1282150.1087219032211894
1.2977-1.32790.13022480.1044219372218594
1.3279-1.36110.12882160.1003219172213394
1.3611-1.39790.10811920.0938221302232295
1.3979-1.43910.11012430.0882220672231095
1.4391-1.48550.10922480.0865221322238095
1.4855-1.53860.10342290.0867223582258795
1.5386-1.60020.10432150.0858223112252696
1.6002-1.6730.12582090.0896222782248796
1.673-1.76120.10922050.0954223452255096
1.7612-1.87160.11562260.0999221892241595
1.8716-2.01610.12792140.1027224052261996
2.0161-2.2190.11932060.1053225132271996
2.219-2.54010.13242130.111224852269897
2.5401-3.20010.14362450.1176220112225694
3.2001-44.5030.12962220.1146220152223795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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