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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vzu | |||||||||
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タイトル | Roles of active site tryptophans in substrate binding and catalysis by ALPHA-1,3 GALACTOSYLTRANSFERASE | |||||||||
要素 | N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase / N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase activity / Golgi cisterna / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / glycosyltransferase activity / protein glycosylation / vesicle / carbohydrate metabolic process / ゴルジ体 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Deshpande, A. / Xie, Z. / Natesh, R. / Acharya, K.R. / Brew, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2004 タイトル: Roles of active site tryptophans in substrate binding and catalysis by alpha-1,3 galactosyltransferase. 著者: Zhang, Y. / Deshpande, A. / Xie, Z. / Natesh, R. / Acharya, K.R. / Brew, K. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Roles of Individual Enzyme-Substrate Interactions by Alpha-1,3-Galactosyltransferase in Catalysis and Specificity 著者: Zhang, Y. / Swaminathan, G.J. / Deshpande, A. / Boix, E. / Natesh, R. / Xie, Z. / Acharya, K.R. / Brew, K. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001 タイトル: Bovine Alpha1,3-Galactosyltransferase Catalytic Domain Structure and its Relationship with Abo Hhisto-Blood Group and Glycophingolipid Glycosyltransferases 著者: Gastinal, L.N. / Bignon, C. / Misra, A.K. / Hindsgaul, O. / Shaper, J.H. / Joziasse, D.H. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Structure of Udp Complex of Udp-Galactose:Beta-Galactoside-Alpha-1,3-Galactosyltransferase at 1.53-A Resolution Reveals a Conformational Change in the Catalytically Important C Terminus 著者: Boix, E. / Swaminathan, G.J. / Zhang, Y. / Natesh, R. / Brew, K. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vzu.cif.gz | 159.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vzu.ent.gz | 120.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vzu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vzu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34067.129 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 80-368 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUE W314Y / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / プラスミド: PSV-SPORT / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: P14769, EC: 2.4.1.151 #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 869分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | TRANSFER OF GALACTOSE FROM UDP-GALACTOSE TO AN ACCEPTOR MOLECULE. UDP-GALACTOSE + BETA-D-GALACTOSYL- ...TRANSFER OF GALACTOSE FROM UDP-GALACTOSE TO AN ACCEPTOR MOLECULE. UDP-GALACTOSE + BETA-D-GALACTOSYL |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 % |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: PEG6000, TRIS/HCL, pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 84060 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 87.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K4V 解像度: 1.97→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→50 Å
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拘束条件 |
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