[日本語] English
万見
- PDB-1vsq: Solution NMR structure of the productive complex between IIAManno... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vsq
タイトルSolution NMR structure of the productive complex between IIAMannose and IIBMannose of the mannose transporter of the E. coli phosphotransferase system
要素
  • Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
  • Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIB component
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / phosphotransferase / sugar transport / transferase-phosphocarrier complex / Membrane (生体膜) / Phosphoprotein / Phosphotransferase system
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-D-mannose phosphotransferase / mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / リン酸化 / protein homodimerization activity / 生体膜 ...protein-Npi-phosphohistidine-D-mannose phosphotransferase / mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / リン酸化 / protein homodimerization activity / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, mannose family IIA component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component, subgroup / Fructose Permease / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / PTS system mannose/sorbose specific IIA subunit / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component ...Phosphotransferase system, mannose family IIA component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component, subgroup / Fructose Permease / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / PTS system mannose/sorbose specific IIA subunit / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component superfamily / PTS system fructose IIA component / PTS_EIIA type-4 domain profile. / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system mannose-specific EIIAB component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / conjoined rigid body, torsion angle simulated annealing
データ登録者Clore, G.M. / Hu, J. / Hu, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Solution NMR Structures of Productive and Non-productive Complexes between the A and B Domains of the Cytoplasmic Subunit of the Mannose Transporter of the Escherichia coli Phosphotransferase System.
著者: Hu, J. / Hu, K. / Williams, D.C. / Komlosh, M.E. / Cai, M. / Clore, G.M.
履歴
登録2008年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年7月17日Group: Derived calculations
改定 1.32018年10月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_nmr_exptl ...entity_src_gen / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_sample_details / struct / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.gene_src_genus / _entity_src_gen.host_org_genus ..._entity_src_gen.gene_src_genus / _entity_src_gen.host_org_genus / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _struct.pdbx_model_type_details / _struct_keywords.text
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
B: Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
C: Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIB component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3873
ポリマ－47,3873
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)2 / 120restrained regularized mean
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIA component / EIIA-Man / PTS system mannose-specific EIIA component


分子量: 14527.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: manX, gptB, ptsL / プラスミド: pET32a modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69797, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質 Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIB component / EIIB-Man / PTS system mannose-specific EIIB component


分子量: 18332.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: manX, gptB, ptsL / プラスミド: pET32a modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69797, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
構成要素の詳細MODEL 1 IS PHOSPHORYLATED-HIS IN CHAIN B OF IIAMAN. MODEL 2 IS A PHOSPHORYL TRANSITION STATE ...MODEL 1 IS PHOSPHORYLATED-HIS IN CHAIN B OF IIAMAN. MODEL 2 IS A PHOSPHORYL TRANSITION STATE INVOLVING A PENTACOORDINATE PHOSPHORYL GROUP IN A TRIGONAL BIPYRAMIDAL GEOMETRY WITH THE DONOR (NE2 OF HIS10 OF CHAIN B OF IIAMAN) AND ACCEPTOR (ND1 OF HIS175 OF IIBMAN, CHAIN C) IN APICAL POSITIONS. THE STRUCTURE OF THE TRANSITION STATE IS DERIVED FROM MODEL 1. IN THIS TRANSITION STATE WITH PARTIAL DISSOCIATIVE CHARACTER THE N-P DISTANCE IS 2.5 A. THE COORDINATES OF MODEL 1 ARE IDENTICAL TO THOSE OF 2JZN (IIAMANH10E-IIBMAN COMPLEX EXCEPT THAT GLU10 OF CHAIN B OF IIAMANNOSE HAS BEEN REPLACED BY PHOSPHORYLATED HISTIDINE. MODEL 2 IS DERIVED FROM MODEL 1 BY RESTRAINED MINIMIZATION IN WHICH MINIMAL SHIFTS IN THE BACKBONE COORDINATES (AND ASSOCIATED SIDE CHAINS) OF RESIDUES 8-12 OF CHAIN B OF IIAMANNOSE AND RESIDUES 173-177 OF IIBMANNOSE (CHAIN C) ARE ALLOWED TO OCCUR IN ORDER TO ACCOMMODATE THE STEREOCHEMICAL REQUIREMENTS OF THE TRANSITION STATE. SEE PUBLICATION FOR DETAILS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-edited/13C-edited NOE
12212C-filtered/13C-separated NOE
NMR実験の詳細Text: Triple resonance experiments for assignment. Quantitative J correlation experiments for heteronuclear scalar couplings. 3D and 2D isotope filtered/isotope-separated NOE experiments for intermolecular NOEs.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM IIAMan(H10E)+IIBMan, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1 mM IIAMan(H10E)+IIBMan, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMIIAMan(H10E)+IIBMan1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.01 %sodium azidenatural abundance1
0.5 mMIIAMan(H10E)+IIBMan2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.01 %sodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 20 mM phosphate / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX500BrukerDMX5005001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002
Bruker DRX600BrukerDRX6006003
Bruker DRX800BrukerDRX8008004

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.18.1Schwieters, Kuszewski, and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.18.1Schwieters, Kuszewski, and Clore精密化
精密化手法: conjoined rigid body, torsion angle simulated annealing
ソフトェア番号: 2
詳細: COORDINATES OF IIAMAN (1PDO) AND IIBMAN (2JZH) ARE TREATED AS RIGID BODIES WITH THE INTERFACIAL SIDE CHAINS GIVEN TORSIONAL DEGREES OF FREEDOM. RESIDUES 130- 134 OF IIAMAN ARE ALSO GIVEN ...詳細: COORDINATES OF IIAMAN (1PDO) AND IIBMAN (2JZH) ARE TREATED AS RIGID BODIES WITH THE INTERFACIAL SIDE CHAINS GIVEN TORSIONAL DEGREES OF FREEDOM. RESIDUES 130- 134 OF IIAMAN ARE ALSO GIVEN TORSIONAL DEGREES OF FREEDOM SINCE INTERMOLECULAR NOES WERE OBSERVED INVOLVED THESE RESIDUES ALTHOUGH THEY ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP OF THE X-RAY STRUCTURE OF FREE IIAMAN. FURTHER DETAILS IN PUBLICATION. THE COORDINATES of 1VSQ ARE DERIVED DIRECTLY FROM THOSE OF 2JZN, THE IIAMAN(H10E)-IIBMAN COMPLEX.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: restrained regularized mean
計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 2
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.02 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る