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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vrh | |||||||||
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タイトル | HRV14/SDZ 880-061 COMPLEX | |||||||||
要素 | (RHINOVIRUS 14ライノウイルス) x 4 | |||||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / RHINOVIRUS COAT PROTEIN / ANTIVIRAL AGENTS (抗ウイルス薬) / POLYPROTEIN (タンパク質分解) / COAT PROTEIN / CORE PROTEIN (カプシド) / RNA POLYMERASE (RNAポリメラーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / THIOL PROTEASE (システインプロテアーゼ) / MYRISTYLATION / Icosahedral virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Oren, D.A. / Zhang, A. / Arnold, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Synthesis and activity of piperazine-containing antirhinoviral agents and crystal structure of SDZ 880-061 bound to human rhinovirus 14. 著者: Oren, D.A. / Zhang, A. / Nesvadba, H. / Rosenwirth, B. / Arnold, E. #1: ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 1995 タイトル: Sdz 35-682, a New Picornavirus Capsid-Binding Agent with Potent Antiviral Activity 著者: Rosenwirth, B. / Oren, D.A. / Arnold, E. / Kis, Z.L. / Eggers, H.J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Structure Determination of Antiviral Compound Sch 38057 Complexed with Human Rhinovirus 14 著者: Zhang, A. / Nanni, R.G. / Li, T. / Arnold, G.F. / Oren, D.A. / Jacobo-Molina, A. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Rubenstein, D.A. / Li, Y. #3: ジャーナル: Semin.Virol. / 年: 1992 タイトル: Three-Dimensional Structure-Activity Relationships for Antiviral Agents that Interact with Picornavirus Capsids 著者: Zhang, A. / Nanni, R.G. / Oren, D.A. / Rozhon, E.J. / Arnold, E. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Analysis of the Structure of a Common Cold Virus, Human Rhinovirus 14, Refined at a Resolution of 3.0 A 著者: Arnold, E. / Rossmann, M.G. #5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1988 タイトル: The Use of Molecular-Replacement Phases for the Refinement of the Human Rhinovirus 14 Structure 著者: Arnold, E. / Rossmann, M.G. #6: ジャーナル: Nature / 年: 1985 タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses 著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vrh.cif.gz | 169.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vrh.ent.gz | 134 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vrh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vrh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 |
| x 5||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 20||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32560.549 Da / 分子数: 1 / 変異: I(2 170)L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28501.361 Da / 分子数: 1 / 変異: I(2 170)L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26236.754 Da / 分子数: 1 / 変異: I(2 170)L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7183.863 Da / 分子数: 1 / 変異: I(2 170)L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirusライノウイルス / 生物種: Human rhinovirus B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03303 |
#5: 化合物 | ChemComp-SD8 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | 詳細: 5 MG/ML OF SDZ 880-061 IN 200 MICROLITER DROPS FOR 3 - 4 CRYSTALS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.54 |
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検出器 | 検出器: FILM / 日付: 1990年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | Rmerge(I) obs: 0.119 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 147189 / % possible obs: 25.8 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.5 Å / % possible obs: 16 % / Num. unique obs: 35847 / Rmerge(I) obs: 0.195 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PURDUE / バージョン: DATA PROCESSING PACKAGE / 分類: データ削減 | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 3 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
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