PDB-1vk0: X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g06450

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vk0

タイトル

X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g06450

要素

hypothetical protein

キーワード

structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function /

Protein (タンパク質) / homohexamer /

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / At5g06450 /

Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

exoribonuclease II /

exoribonuclease II activity / RISC complex binding / plant-type vacuole / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / positive regulation of miRNA metabolic process / : /

nucleic acid binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Johnson, K.A. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g06450
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics

履歴

登録	2004年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vk0.cif.gz	255.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vk0.ent.gz	207.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vk0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vk0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2q3s-d 5v5f-1 5vg3-d 5lkq-1 2zts-1 1odi-d 3k4x-d 1z0g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.22116

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

C: hypothetical protein

D: hypothetical protein

E: hypothetical protein

F: hypothetical protein

139 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.831, 120.831, 185.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	hypothetical protein / 分子量: 23243.074 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g06450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FNG3
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Sodium Citrate, Polyethylene glycol 2000, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9792, 0.9800, 0.9641

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月26日 / 詳細: Bent flat mirror and sagitally bent second crystal

放射

モノクロメーター: Double crystal silicon 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	0.98	1
3	0.9641	1

反射

解像度: 2.1→35 Å / Num. obs: 91738 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 29

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	8.6	0.479	5.8	1	99.8
2.14-2.18		0.367		1	100
2.18-2.22		0.332		1	100
2.22-2.26		0.325		1	100
2.26-2.31		0.264		1	100
2.31-2.37		0.245		1	100
2.37-2.42		0.21		1	100
2.42-2.49		0.175		1	100
2.49-2.56		0.148		1	100
2.56-2.65		0.137		1	100
2.65-2.74		0.121		1	100
2.74-2.85		0.1		1	100
2.85-2.98		0.085		1	100
2.98-3.14		0.067		1	100
3.14-3.33		0.052		1	100
3.33-3.59		0.042		1	100
3.59-3.95		0.036		1	100
3.95-4.52		0.031		1	100
4.52-5.69		0.032		1	100
5.69-35		0.031		1	100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 3.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.78 / 反射: 20131

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	1	1	0.9795	2.15	-9.76
1	1	2	0.9792	5.46	-7.51
1	1	3	0.9641	3.96	-4.16

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	40.641	8.713	1.894	SE	48.4	0.36
2	35.241	72.877	28.131	SE	26.8	0.3
3	12.993	47.108	9.779	SE	45	0.34
4	107.186	10.252	0.959	SE	39.9	0.35
5	3.148	14.194	26.837	SE	40.6	0.34
6	73.907	16.661	18.707	SE	39.1	0.31

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
11.16-20	0.87	1180
7.54-11.16	0.87	1732
6.04-7.54	0.85	2157
5.18-6.04	0.82	2480
4.61-5.18	0.8	2773
4.19-4.61	0.77	3016
3.87-4.19	0.72	3297
3.61-3.87	0.67	3496

Phasing dm

FOM : 0.88 / FOM acentric: 0.89 / FOM centric: 0.79 / 反射: 20132 / Reflection acentric: 17801 / Reflection centric: 2331

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10-19.99	0.97	0.97	0.92	827	603	224
6.3-10	0.93	0.95	0.85	2773	2313	460
5-6.3	0.9	0.92	0.78	3385	2964	421
4.4-5	0.9	0.92	0.81	3426	3058	368
3.8-4.4	0.87	0.88	0.76	6010	5454	556
3.5-3.8	0.78	0.8	0.61	3711	3409	302

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE	2.02	位相決定
RESOLVE	2.02	位相決定
REFMAC	refmac_5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→34.922 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 4.249 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.17

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2326	4592	5.009 %	RANDOM
R_work	0.1803	-	-	-
all	0.183	-	-	-
obs	0.1829	87085	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.501 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.008 Å²	-0.004 Å²	0 Å²
2-	-	-0.008 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.922 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9546	0	0	645	10191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.021	9770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.777	1.948	13236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.716	5	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	6709
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.982	2	5943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.569	4	9555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.826	6	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.029	8	3681

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1544	0.303	316	0.235	6377	6703	99.85
2.154-2.2132	0.282	334	0.2	6186	6520
2.213-2.2771	0.275	299	0.204	6038	6337
2.277-2.3468	0.273	331	0.2	5827	6158
2.347-2.4235	0.267	296	0.195	5686	5982
2.423-2.5081	0.252	290	0.184	5478	5768
2.508-2.6022	0.247	287	0.178	5333	5620
2.602-2.7079	0.294	271	0.189	5114	5385
2.708-2.8275	0.237	234	0.177	4965	5199
2.828-2.9645	0.243	252	0.183	4678	4930
2.965-3.1237	0.244	243	0.191	4488	4731
3.124-3.3115	0.238	231	0.185	4264	4495
3.311-3.5378	0.215	214	0.176	4012	4227
3.538-3.818	0.235	194	0.18	3743	3939
3.818-4.1775	0.181	185	0.146	3480	3665
4.177-4.6622	0.161	189	0.142	3111	3300
4.662-5.3675	0.202	137	0.156	2809	2946
5.368-6.5354	0.275	124	0.193	2409	2534
6.535-9.0847	0.211	101	0.186	1904	2005
9.085-34.9215	0.207	64	0.212	1183	1247

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)