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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1va4 | ||||||
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タイトル | Pseudomonas fluorescens aryl esterase | ||||||
要素 | Arylesteraseアリールエステラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta hydrolase / esterase (エステラーゼ) / non-cofactor dependent haloperoxidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å | ||||||
データ登録者 | Cheeseman, J.D. / Tocilj, A. / Park, S. / Schrag, J.D. / Kazlauskas, R.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Structure of an aryl esterase from Pseudomonas fluorescens. 著者: Cheeseman, J.D. / Tocilj, A. / Park, S. / Schrag, J.D. / Kazlauskas, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1va4.cif.gz | 349.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1va4.ent.gz | 284.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1va4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/1va4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/1va4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1a8sS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30966.955 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: SIK WI / プラスミド: pUE1251 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha / 参照: UniProt: P22862, アリールエステラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1% PEG 400, 1.65M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月15日 / 詳細: Osmic mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→48.8 Å / Num. all: 285139 / Num. obs: 271452 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.04 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.804→1.851 Å / 冗長度: 2.43 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1314 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 65.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A8S 解像度: 1.804→48.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.77 / SU ML: 0.052 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.672 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.804→48.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.804→1.851 Å / Total num. of bins used: 20 /
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