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- PDB-5epa: Crystal structure of non-heme alpha ketoglutarate dependent carbo... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5epa | |||||||||
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Title | Crystal structure of non-heme alpha ketoglutarate dependent carbocyclase SnoK from nogalamycin biosynthesis | |||||||||
![]() | SnoK | |||||||||
![]() | LYASE / non-heme iron center / polyketide biosynthesis | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Selvaraj, B. / Lindqvist, Y. / Siitonen, V. / Niiranen, L. / Metsa-Ketela, M. / Schneider, G. | |||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Divergent non-heme iron enzymes in the nogalamycin biosynthetic pathway. Authors: Siitonen, V. / Selvaraj, B. / Niiranen, L. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Metsa-Ketela, M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 494.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 65.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 93.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ep9SC ![]() 5equC ![]() 5erlC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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6 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 262 / Label seq-ID: 17 - 274
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 31269.061 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-AKG / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: PEG MME 550, magnesium chloride, Tris/HCl, alpha ketoglutarate, ammonium ferric citrate PH range: 8.0-8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 3, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.24→47.7 Å / Num. obs: 96076 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.24→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5EP9 Resolution: 2.24→47.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 13.774 / SU ML: 0.174 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.214 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.704 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.24→47.7 Å
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Refine LS restraints |
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