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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v4t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human glucokinase | ||||||
要素 | glucokinase isoform 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / hexokinase IV (ヘキソキナーゼ) / allosteric enzyme / diabetes (糖尿病) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / NADP metabolic process / glucose binding / cellular response to leptin stimulus / calcium ion import / canonical glycolysis / 解糖系 / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of insulin secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / response to glucose / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kamata, K. / Mitsuya, M. / Nishimura, T. / Eiki, J. / Nagata, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Structural basis for allosteric regulation of the monomeric allosteric enzyme human glucokinase 著者: Kamata, K. / Mitsuya, M. / Nishimura, T. / Eiki, J. / Nagata, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v4t.cif.gz | 96.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v4t.ent.gz | 73.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v4t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/1v4t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50610.500 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 15-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFLAG-CTC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5A / 参照: UniProt: P35557, ヘキソキナーゼ | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: Ammonium sulfate, Bicine, Sodium chloride, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→87.71 Å / Num. obs: 12925 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 77.8 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.84 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V4S 解像度: 3.4→48.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2102820.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.7978 Å2 / ksol: 0.337635 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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