+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u3o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of rat Kalirin N-terminal SH3 domain | ||||||
要素 | Huntingtin-associated protein-interacting protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / SH3 / cis-Proline (プロリン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOG GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / MAPK6/MAPK4 signaling / RAC1 GTPase cycle / maternal process involved in parturition / RHOA GTPase cycle / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of dendrite development / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway ...RHOG GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / MAPK6/MAPK4 signaling / RAC1 GTPase cycle / maternal process involved in parturition / RHOA GTPase cycle / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of dendrite development / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of growth hormone secretion / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / EPHB-mediated forward signaling / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / 馴化 / maternal behavior / G alpha (q) signalling events / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / extrinsic component of membrane / neuromuscular junction development / social behavior / 授乳 / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 軸索誘導 / 記憶 / presynapse / nervous system development / postsynaptic density / 細胞骨格 / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Torsion angle dynamics, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Schiller, M.R. / Chakrabarti, K. / King, G.F. / Schiller, N.I. / Eipper, B.A. / Maciejewski, M.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Regulation of RhoGEF Activity by Intramolecular and Intermolecular SH3 Domain Interactions. 著者: Schiller, M.R. / Chakrabarti, K. / King, G.F. / Schiller, N.I. / Eipper, B.A. / Maciejewski, M.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u3o.cif.gz | 385 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1u3o.ent.gz | 333.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u3o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/1u3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/1u3o | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8578.576 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kalirin, HAPIP, Duo / 器官: brain脳 / プラスミド: pGEX6P / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97924 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料状態 | イオン強度: 200 mM / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: Torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structure is based on a total of 1017 restraints, with 893 NOE-derived distance constraints, 102 dihedral angle restraints, and 22 hydrogen bond restraints. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |