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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tys | ||||||
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タイトル | WATER-MEDIATED SUBSTRATE(SLASH)PRODUCT DISCRIMINATION: THE PRODUCT COMPLEX OF THYMIDYLATE SYNTHASE AT 1.83 ANGSTROMS | ||||||
要素 | THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / メチル化 / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding ...thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / メチル化 / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Fauman, E. / Rutenber, E. / Stroud, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Water-mediated substrate/product discrimination: the product complex of thymidylate synthase at 1.83 A. 著者: Fauman, E.B. / Rutenber, E.E. / Maley, G.F. / Maley, F. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tys.cif.gz | 67.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tys.ent.gz | 53.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tys.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tys | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE CXM 1 IS A FORMATE GROUP BOUND TO N ATOM OF METHIONINE. | |||||||||
Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30543.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00470, UniProt: P0A884*PLUS, thymidylate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-TMP / |
#3: 化合物 | ChemComp-DHF / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | RESIDUE CXM 1 IS A FORMATE GROUP BOUND TO N ATOM OF METHIONINE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 30830 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 30830 / Rmerge(I) obs: 0.094 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / Num. possible: 4845 / Num. unique obs: 3117 / Rmerge(I) obs: 0.312 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→7 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→7 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 30830 / Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rwork: 0.183 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |