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- PDB-1tvh: Crystal structure of Modified Melanoma Antigen gp100(209-T2M) Bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tvh
タイトルCrystal structure of Modified Melanoma Antigen gp100(209-T2M) Bound to Human Class I MHC HLA-A2
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • epitope of Melanocyte protein Pmel 17
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Melanoma (悪性黒色腫) / X-ray (X線) / modified gp100 peptide / gp100(209-T2M) peptide / MHC / HLA-A2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / melanosome organization / cis-Golgi network membrane / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation ...positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / melanosome organization / cis-Golgi network membrane / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / メラノソーム / sensory perception of smell / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Melanocyte protein PMEL / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Borbulevych, O.Y. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2005
タイトル: Increased Immunogenicity of an Anchor-Modified Tumor-Associated Antigen Is Due to the Enhanced Stability of the Peptide/MHC Complex: Implications for Vaccine Design
著者: Borbulevych, O.Y. / Baxter, T.K. / Yu, Z. / Restifo, N.P. / Baker, B.M.
履歴
登録2004年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: epitope of Melanocyte protein Pmel 17
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: epitope of Melanocyte protein Pmel 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,11634
ポリマ－89,5386
非ポリマー2,57928
水13,079726
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: epitope of Melanocyte protein Pmel 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,96616
ポリマ－44,7693
非ポリマー1,19713
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: epitope of Melanocyte protein Pmel 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,15018
ポリマ－44,7693
非ポリマー1,38115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.407, 84.485, 84.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pHN1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: beta-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pHN1 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド epitope of Melanocyte protein Pmel 17


分子量: 1035.213 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 209-217 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: a modified sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: P40967
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98731 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月21日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 75145 / Num. obs: 74168 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 17.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique all: 7284 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1BOR

1bor


解像度: 1.802→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 3.5 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24651 3703 5 %RANDOM
Rwork0.18489 ---
obs0.18795 70064 98.51 %-
all-74883 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å2-0.76 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6312 0 168 726 7206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0216642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.141.9348958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6295762
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1680.082913
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.5914
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1170.0880
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2111.53830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00826176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.52832812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.294.52782
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.303 257
Rwork0.236 4814
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3078-0.06071.29840.56270.48462.0138-0.0579-0.12330.06680.03980.0602-0.0185-0.04550.056-0.00220.0407-0.01870.0280.0709-0.01220.04155.37032.938435.4086
22.68930.0748-1.66691.14590.03834.50590.04790.15530.2174-0.15410.0505-0.0248-0.276-0.0007-0.09830.06220.0062-0.00660.001-0.00430.036736.07236.071619.0663
34.8194-0.8611.27631.6594-0.19871.86020.0502-0.0009-0.31720.0341-0.014-0.05650.14920.0864-0.03620.0594-0.0099-0.01460.01440.00240.045225.7741-11.941527.1692
412.42935.339913.24570.195.051316.45750.1441-0.98270.03850.3373-0.20920.06530.4276-0.99650.06510.23230.0431-0.01950.1868-0.01830.1777-2.28053.461838.3498
52.20180.0055-0.88330.5225-0.3291.9925-0.0315-0.1473-0.11650.05620.0273-0.01770.0286-0.130.00420.0409-0.0066-0.01360.04520.01820.043623.592937.618520.2034
62.86020.12522.15441.2727-0.05524.52940.07690.1024-0.2713-0.1503-0.01160.0060.21050.0297-0.06530.06380.01380.00730.03190.01550.0401-7.014834.52273.7703
74.1968-0.9399-0.93871.87590.16491.7204-0.0165-0.09520.17490.01150.00930.0779-0.0929-0.11990.00720.0357-0.0039-0.00160.0444-0.00140.02863.13752.511411.9642
816.63886.6627-12.59250.8089-4.122112.4148-0.0852-0.5619-0.0010.23250.0801-0.1325-0.01380.53490.00510.18370.040.01330.16820.04570.133231.112136.980323.1441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1821 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2AA183 - 275183 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3BB0 - 991 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4CC1 - 91 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5DD1 - 1821 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6DD183 - 275183 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7EE0 - 991 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8FF1 - 91 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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