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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t6k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phzF from Pseudomonas fluorescens 2-79 | ||||||
要素 | Phenazine biosynthesis protein phzF | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / phenazine (フェナジン) / chorismate (コリスミ酸) / phzF / enzyme (酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase / trans-2,3-dihydro-3-hydroxy-anthranilate isomerase activity / phenazine biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Parsons, J.F. / Song, F. / Parsons, L. / Calabrese, K. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Structure and function of the phenazine biosynthesis protein PhzF from Pseudomonas fluorescens 2-79 著者: Parsons, J.F. / Song, F. / Parsons, L. / Calabrese, K. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN THE COORDINATES CONTAIN THE MINOR CONFORMATION OF OG SER 213. THE SHORT CONTACT BETWEEN ...HETEROGEN THE COORDINATES CONTAIN THE MINOR CONFORMATION OF OG SER 213. THE SHORT CONTACT BETWEEN THIS ATOM AND O2 SO4 301 PROBABLY INDICATES THAT THE SULFATE ION POSITION IS PARTIALLY OCCUPIED BY A WATER MOLECULE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t6k.cif.gz | 71.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t6k.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t6k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/1t6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/1t6k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1p9v S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The second molecule of the dimer can be generated by applying the matrix -0.50000 -0.86603 0.00000 -0.86603 0.50000 -0.00000 0.00000 -0.00000 -1.00000 and the vector 84.33016 48.68816 103.37299 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30085.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: PHZF / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51792 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: Reservoir solution: 0.20 M ammonium sulfate, 0.10 M sodium citrate pH 5.6 and 18% (w/v) PEG 4000. The protein concentration was 17 mg/ml, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月24日 / 詳細: MSC Blue Confocal Optics |
放射 | モノクロメーター: MSC Blue Confocal Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→52 Å / Num. all: 27247 / Num. obs: 27247 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.89 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 2593 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1P9V 1p9v 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.626 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.368 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 1.8 Å / Num. reflection Rwork: 3667 / Total num. of bins used: 10 |