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万見
- PDB-1sto: CRYSTAL STRUCTURE OF OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sto
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
要素OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードPHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleoside biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROXIDE ION / OROTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Orotate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Scapin, G. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of orotate phosphoribosyltransferase.
著者: Scapin, G. / Grubmeyer, C. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録1993年12月20日処理サイト: BNL
改定 1.01994年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9193
ポリマ－23,5341
非ポリマー3852
水1,38777
1
A: OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8386
ポリマ－47,0682
非ポリマー7704
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.200, 47.200, 216.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE /


分子量: 23533.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P08870, orotate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド / Hydroxide


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#3: 化合物 ChemComp-OMP / OROTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / オロチジン5′-りん酸 / オロチジン5'-一リン酸


分子量: 368.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N2O11P
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: PYRE_SALTY SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE GLU 100 ALA 101

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMprotein1drop
265 %sat1drop(NH4)2SO4
370 mMNaHepes1drop
40.05 mM1dropNaN3
510 mMbeta-mercapto-ethanol1drop
630-40 %(w/v)PEG40001reservoir
770 mMNaHepes1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 6839 / % possible obs: 60 % / Rmerge(I) obs: 0.062

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→28 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.176 -
obs0.176 7610
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1616 0 25 77 1718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.176 / Rfactor Rwork: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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