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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sfe | ||||||
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タイトル | ADA O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | ADA O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / ENZYME (酵素) / TRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN / DNA REPAIR PROTEIN (DNA修復) / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / DNA demethylation / メチル化 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response ...: / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / DNA demethylation / メチル化 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Moore, M.H. / Gulbis, J.M. / Dodson, E.J. / Demple, B. / Moody, P.C.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of a suicidal DNA repair protein: the Ada O6-methylguanine-DNA methyltransferase from E. coli. 著者: Moore, M.H. / Gulbis, J.M. / Dodson, E.J. / Demple, B. / Moody, P.C. #1: ジャーナル: Novel Approaches in Anticancer Drug Design : Molecular Modelling--New Treatment Strategies (in: Contrib.Oncol., V.49) 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of E.Coli O6-Methylguanine-DNA Methyltransferase 著者: Moody, P.C.E. / Moore, M.H. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Crystallization of O6-Methylguanine-DNA Methyltransferase from Escherichia Coli 著者: Moody, P.C. / Demple, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sfe.cif.gz | 47.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sfe.ent.gz | 32.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sfe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/1sfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/1sfe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19766.586 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL 19KD OF THE ADA PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / 解説: TAC CONTROL / 遺伝子: ADAC / Variant: JM 101 / プラスミド: PADAC / 遺伝子 (発現宿主): ADAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P06134, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis / PH range low: 8 / PH range high: 7.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | Num. obs: 9017 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 19437 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→39 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |