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Yorodumi- PDB-4o6u: 0.89A resolution structure of the hemophore HasA from Pseudomonas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o6u | ||||||
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Title | 0.89A resolution structure of the hemophore HasA from Pseudomonas aeruginosa (H83A mutant) | ||||||
Components | HasApHazard analysis and critical control points | ||||||
Keywords | Heme Binding Protein / Hemophore / Y75 Loop | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 0.89 Å | ||||||
Authors | Lovell, S. / Kumar, R. / Battaile, K.P. / Matsumura, H. / Yao, H. / Rodriguez, J.C. / Moenne-Loccoz, P. / Rivera, M. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2014 Title: Replacing the Axial Ligand Tyrosine 75 or Its Hydrogen Bond Partner Histidine 83 Minimally Affects Hemin Acquisition by the Hemophore HasAp from Pseudomonas aeruginosa. Authors: Kumar, R. / Matsumura, H. / Lovell, S. / Yao, H. / Rodriguez, J.C. / Battaile, K.P. / Moenne-Loccoz, P. / Rivera, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4o6u.cif.gz | 96.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4o6u.ent.gz | 71.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4o6u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/4o6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/4o6u | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4o6qC 4o6sC 4o6tC 3ellS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18834.465 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H83A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: hasAp / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-GOLD (DE3) / References: UniProt: O69756 | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-HEM / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 1.6M ammonium sulfate, 100mM MES, 10% (v/V) dioxane, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 0.89→100.902 Å / Num. all: 120441 / Num. obs: 120441 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 7.04 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ELL Resolution: 0.89→32.541 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 9.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.89 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.928 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 38.59 Å2 / Biso mean: 8.3304 Å2 / Biso min: 3.83 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 0.89→32.541 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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