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万見
- PDB-1rk2: E. COLI RIBOKINASE COMPLEXED WITH RIBOSE AND ADP, SOLVED IN SPACE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rk2
タイトルE. COLI RIBOKINASE COMPLEXED WITH RIBOSE AND ADP, SOLVED IN SPACE GROUP P212121
要素RIBOKINASEリボキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / CARBOHYDRATE KINASE / RIBOSE (リボース) / INDUCED FIT (酵素反応) / DOMAIN RE-ARRANGEMENTS
機能・相同性
機能・相同性情報


リボキナーゼ / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
リボキナーゼ / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / alpha-D-ribofuranose / リボキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Mowbray, S.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Induced fit on sugar binding activates ribokinase.
著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Mowbray, S.L.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structure of Escherichia coli Ribokinase in Complex with Ribose and Nucleotide Determined to 1.8 A Resolution: Insights Into a New Family of Kinase Structures
著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Purification, Characterization, and Crystallization of Escherichia coli Ribokinase
著者: Sigrell, J.A. / Cameron, A.D. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: Ribokinase from Escherichia coli K12. Nucleotide Sequence and Overexpression of the RBSK Gene and Purification of Ribokinase
著者: Hope, J.N. / Bell, A.W. / Hermodson, M.A. / Groarke, J.M.
履歴
登録1999年5月20日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOKINASE
B: RIBOKINASE
C: RIBOKINASE
D: RIBOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,10020
ポリマ－129,2824
非ポリマー2,81816
水7,368409
1
A: RIBOKINASE
B: RIBOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,05010
ポリマ－64,6412
非ポリマー1,4098
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23690 Å2
手法PISA
2
C: RIBOKINASE
D: RIBOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,05010
ポリマ－64,6412
非ポリマー1,4098
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.201, 62.492, 337.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.751594, -0.659461, 0.014751), (-0.659626, 0.751432, -0.01561), (-0.00079, -0.021463, -0.999769)23.99, 10.973, 188.90601
2given(-0.719392, 0.693908, -0.031096), (0.692426, 0.719959, 0.046954), (0.05497, 0.012247, -0.998413)12.921, -8.801, 273.461
3given(-0.071828, 0.997288, 0.01604), (-0.996018, -0.070866, -0.054094), (-0.052811, -0.019861, 0.998407)22.934, -7.285, -84.357

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
RIBOKINASE / リボキナーゼ


分子量: 32320.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
解説: THE RBSK GENE WAS CLONED BEHIND AURCE 11 TRP-PROMOTER, FORMING THE PLASMID PJGK10
細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: RBSK / プラスミド: PJGK10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRI240 / 参照: UniProt: P0A9J6, リボキナーゼ
#2: 糖
ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス / リボース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 421分子

#3: 化合物
ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.2 %
結晶化pH: 4.8
詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN THE PRESENCE OF 5 MM RIBOSE, 10 MM ADP, 0.05 MM ALF4 AND 15 MM NAF USING 8.8-15% PEG 4000, 0.25 M MGCL2 AND 20% MPD IN 0.1 M TRIS- HCL BUFFERED TO PH 4.8.
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13-3.5 mg/mlribokinase1drop
25 mMribose1reservoir
310 mMADP1reservoir
40.05 mMAIF31reservoir
515 mM1reservoirNaF
60.1 Msodium acetate1reservoir
70.25 M1reservoirMgCl2
820 %(v/v)MPD1reservoir
98.8-15 %(w/v)PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9058
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9058 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→13 Å / Num. obs: 55979 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 188129
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RKD: RESIDUES 4-9, 44-93, 123-241 AND 254-309

1rkd


解像度: 2.25→13 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 2972122.44 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: TARGET WAS MLF USING AMPLITUDES. THE MAIN-CHAIN OF RESIDUES 5-13, 43-93, 116- 198, 205-235, 240-243, 247-305 AND ALF 315 WERE RESTRAINED WITH A WEIGHT OF 100.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2815 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs-55979 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.98 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.63 Å20 Å20 Å2
2--5.01 Å20 Å2
3----6.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8972 0 172 409 9553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight Biso Weight position
11RESTRAINTS2.10.062100
223.30.091050
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 512 5.6 %
Rwork0.254 8650 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3COMB_ADP_MG.PARCOMB_ADP_MG.TOP
X-RAY DIFFRACTION4RIB.PARRIB.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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