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- PDB-1rc7: Crystal structure of RNase III Mutant E110K from Aquifex Aeolicus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rc7
タイトルCrystal structure of RNase III Mutant E110K from Aquifex Aeolicus complexed with ds-RNA at 2.15 Angstrom Resolution
要素
  • 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
  • Ribonuclease III
キーワードHYDROLASE/RNA / Ribonuclease III / ds-RNA / RNA interference (RNA干渉) / Endonucleolytic cleavage / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease III / ribonuclease III activity / tRNA processing / 転写後修飾 / 転写後修飾 / rRNA processing / double-stranded RNA binding / 遺伝子発現の調節 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 ...Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Ribonuclease-III-like / Ribonuclease III / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Blaszczyk, J. / Gan, J. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Noncatalytic Assembly of Ribonuclease III with Double-Stranded RNA.
著者: Blaszczyk, J. / Gan, J. / Tropea, J.E. / Court, D.L. / Waugh, D.S. / Ji, X.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystallographic and Modelling Studies of RNase III Suggest a Mechanism for Double-Stranded RNA Cleavage
著者: Blaszczyk, J. / Tropea, J.E. / Bubunenko, M. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S. / Court, D.L. / Ji, X.
履歴
登録2003年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
A: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9686
ポリマ－38,8465
非ポリマー1221
水4,252236
1
B: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
A: Ribonuclease III
ヘテロ分子

B: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
A: Ribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,93712
ポリマ－77,69310
非ポリマー2442
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.286, 118.142, 106.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-319-

HOH

21A-329-

HOH

31A-435-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖
5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量: 3206.981 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Ribonuclease III / / 3.1.26.3 / RNase III


分子量: 26018.334 Da / 分子数: 1 / Mutation: E110K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: RNC, AQ_946 / プラスミド: pDONR201, pDEST-42 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67082, ribonuclease III
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / Fragment: Tris(hydroxymethyl)-aminomethane / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.356 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, Tris-HCl, Sodium Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG400011
2Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン11
3NaCl塩化ナトリウム11
4NaCl塩化ナトリウム12
5PEG400012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月5日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→28.47 Å / Num. all: 20431 / Num. obs: 18715 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.05 % / Biso Wilson estimate: 44.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 71.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1I4S

1i4s


解像度: 2.15→28.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1091 5.8 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 18715 91.6 %-
all-20431 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.9941 Å2 / ksol: 0.345107 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.42 Å20 Å20 Å2
2---4.31 Å20 Å2
3----1.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.26 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1838 848 8 236 2930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.452.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 135 5.7 %
Rwork0.323 2251 -
obs--71.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION5TRIS.PARTRIS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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