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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r3v | ||||||
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タイトル | Uroporphyrinogen Decarboxylase single mutant D86E in complex with coproporphyrinogen-I | ||||||
要素 | Uroporphyrinogen Decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / uroporphyrinogen decarboxylase coproporphyrinogen / X-ray crystallography | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process ...porphyrin-containing compound catabolic process / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / porphyrin-containing compound metabolic process / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Phillips, J.D. / Whitby, F.G. / Kushner, J.P. / Hill, C.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2003 タイトル: Structural basis for tetrapyrrole coordination by uroporphyrinogen decarboxylase 著者: Phillips, J.D. / Whitby, F.G. / Kushner, J.P. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r3v.cif.gz | 96.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r3v.ent.gz | 71.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r3v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1r3v_validation.pdf.gz | 845 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1r3v_full_validation.pdf.gz | 852.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1r3v_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1r3v_validation.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | URO-D is a dimer in solution and in the crystal. The dimer is formed by the 2-fold crystallographic rotation. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40845.793 Da / 分子数: 1 / 変異: D86E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06132, uroporphyrinogen decarboxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-1CP / |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5 詳細: PBG and PBG-D were added to the protein solution in an anaerobic chamber. URO-D was active under these conditions, converting uro'gen-I to cop'gen-I. 1.5 M citrate, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Phillips, J.D., (1997) Protein Sci., 6, 1343. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 35021 / Num. obs: 35021 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 95 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.2 % / Num. measured all: 218142 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1URO 解像度: 1.9→19.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.558 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.723 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.003 Å / Total num. of bins used: 10 /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.187 / Rfactor Rwork: 0.151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2 Å |