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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qyv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase complex with NADP | ||||||
要素 | Estradiol 17 beta-dehydrogenase 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / 17bHSD1-cofactor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, R. / Lin, S.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Cofactor hydrogen bonding onto the protein main chain is conserved in the short chain dehydrogenase/reductase family and contributes to nicotinamide orientation. 著者: Shi, R. / Lin, S.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qyv.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qyv.ent.gz | 52 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qyv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qyv_validation.pdf.gz | 477 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qyv_full_validation.pdf.gz | 483.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qyv_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qyv_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/1qyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/1qyv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the biological assembly is genearated by the two fold axis: -X, Y, -Z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34887.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: placenta / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4000, magnisum chloride, beta-octylglucoside, HEPES, glycerol, soaking with NADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→40 Å / Num. obs: 28701 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.55 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 2.82 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2669 / % possible all: 92.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1JTV 解像度: 1.81→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.3 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.887 Å /
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