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- PDB-1q5h: Human dUTP Pyrophosphatase complex with dUDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q5h
タイトルHuman dUTP Pyrophosphatase complex with dUDP
要素dUTP pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / DNA repair (DNA修復) / enzyme-DNA interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleotide binding / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / signaling receptor inhibitor activity / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / peroxisome proliferator activated receptor binding / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process ...pyrimidine deoxyribonucleotide binding / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / signaling receptor inhibitor activity / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / peroxisome proliferator activated receptor binding / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / regulation of protein-containing complex assembly / liver development / response to organic cyclic compound / DNA複製 / magnesium ion binding / ミトコンドリア / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mol, C.D. / Harris, J.M. / McIntosh, E.M. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Human dUTP pyrophosphatase: uracil recognition by a Beta hairpin and active sites formed by three separate subunits
著者: Mol, C.D. / Harris, J.M. / McIntosh, E.M. / Tainer, J.A.
履歴
登録2003年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dUTP pyrophosphatase
B: dUTP pyrophosphatase
C: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9227
ポリマ－48,7333
非ポリマー1,1894
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13840 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.197, 110.766, 53.243
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細the crystallographic asymmetric unit contains the biologically relevant trimer.

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要素

#1: タンパク質 dUTP pyrophosphatase


分子量: 16244.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEM409 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33316
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DUD / DEOXYURIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dUDP


分子量: 388.162 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.1M sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1droppH7.5
3100 mM1dropNaCl
41.0-1.2 Msodium citrate1reservoirpH8.0
5100 mMimidazole/malate1reservoirpH7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 28406 / Num. obs: 28406 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.62 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2412 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 82
反射
*PLUS
Num. measured all: 102902
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 82 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DUP

1dup


解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.721 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21426 1435 5.1 %RANDOM
Rwork0.17692 ---
all0.17877 26846 --
obs0.17877 26946 94.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3150 0 73 238 3461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0941.9794458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215402
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1660.21044
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1330.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4021.51999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81123190
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4131295
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3844.51268
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.237 78
Rwork0.23 1673
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72210.18050.34071.2520.15033.0613-0.02290.1075-0.0295-0.2363-0.0470.13830.0073-0.20320.06990.10850.0073-0.03040.05260.01150.07857.14236.9587.937
22.6767-0.4864-0.04891.71250.25241.3252-0.03860.03510.0716-0.04290.01470.0504-0.0744-0.08330.02390.03720.0014-0.00350.0106-0.01230.034714.84225.98418.959
31.27590.1507-0.10292.10230.17191.27950.04220.03940.0515-0.1601-0.00650.0913-0.0875-0.0581-0.03570.04380.012-0.01320.03080.00010.056813.71541.48724.086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1277 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1367 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3CC-5 - 1361 - 142
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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