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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pnk | ||||||
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タイトル | PENICILLIN ACYLASE HAS A SINGLE-AMINO-ACID CATALYTIC CENTRE | ||||||
要素 | (PENICILLIN AMIDOHYDROLASEペニシリンアミダーゼ) x 2 | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ペニシリンアミダーゼ / penicillin amidase activity / antibiotic biosynthetic process / ペリプラズム / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Duggleby, H.J. / Moody, P.C.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: Penicillin acylase has a single-amino-acid catalytic centre. 著者: Duggleby, H.J. / Tolley, S.P. / Hill, C.P. / Dodson, E.J. / Dodson, G. / Moody, P.C. #1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1990 タイトル: Expression, Purification and Crystallisation of Penicillin G Acylase from Escherichia Coli Atcc 11105 著者: Hunt, P.D. / Tolley, S.P. / Ward, R.J. / Hill, C.P. / Dodson, G.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pnk.cif.gz | 170.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pnk.ent.gz | 131.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pnk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/1pnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/1pnk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO B 29 / 2: CIS PROLINE - PRO B 366 / 3: CIS PROLINE - PRO B 505 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23838.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 11105 / 参照: UniProt: P06875, ペニシリンアミダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 62429.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 11105 / 参照: UniProt: P06875, ペニシリンアミダーゼ |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→10 Å
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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