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- PDB-1pke: Crystal Structure of E. coli purine nucleoside phosphorylase comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pke
タイトルCrystal Structure of E. coli purine nucleoside phosphorylase complexed with 2-fluoro-2'-deoxyadenosine and sulfate/phosphate
要素Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / hexamer (オリゴマー) / protein-nucleoside complex / trimer of dimers
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside metabolic process / nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2FD / リン酸塩 / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bennett, E.M. / Li, C. / Allan, P.W. / Parker, W.B. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural basis for substrate specificity of Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase.
著者: Bennett, E.M. / Li, C. / Allan, P.W. / Parker, W.B. / Ealick, S.E.
履歴
登録2003年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年12月11日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2589
ポリマ－77,1653
非ポリマー1,0936
水7,098394
1
A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,51518
ポリマ－154,3306
非ポリマー2,18512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area25560 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area46220 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.700, 122.700, 243.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The biological hexamer is generated from the asymmetric unit trimer by the operation: X,X-Y,1/6-Z

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要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / PNP


分子量: 25721.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 属: Escherichia, Escherichiaエスケリキア属 / 生物種: , Escherichia coli大腸菌 / 参照: UniProt: P0ABP9, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-2FD / 5-(6-AMINO-2-FLUORO-PURIN-9-YL)-2-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3-OL / 2-FLUORO-2'-DEOXYADENOSINE / 2-フルオロ-2′-デオキシアデノシン


分子量: 269.232 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12FN5O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: ammonium sulfate, citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
160 mg/mlprotein1drop
230 %ammonium sulfate1reservoir
350 mMcitrate1reservoirpH5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1996年10月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→6 Å / Num. all: 45873 / Num. obs: 36786 / % possible obs: 80.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique all: 1641 / % possible all: 36.2
反射
*PLUS
Num. obs: 39577 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ECP

1ecp


解像度: 2.3→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2007 -random
Rwork0.173 ---
all0.173 36786 --
obs0.173 36786 80.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5339 0 72 394 5805
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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