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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pho | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES EXPLAIN FUNCTIONAL PROPERTIES OF TWO E. COLI PORINS | ||||||
要素 | PHOSPHOPORIN | ||||||
キーワード | OUTER MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Schirmer, T. / Cowan, S.W. / Jansonius, J.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: Crystal structures explain functional properties of two E. coli porins. 著者: Cowan, S.W. / Schirmer, T. / Rummel, G. / Steiert, M. / Ghosh, R. / Pauptit, R.A. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Trigonal Crystals of Porin from Escherichia Coli 著者: Pauptit, R.A. / Zhang, H. / Rummel, G. / Schirmer, T. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P. #2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1991 タイトル: A Common Channel-Forming Motif in Evolutionarily Distant Porins 著者: Pauptit, R.A. / Schirmer, T. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P. / Parker, M.W. / Tucker, A.D. / Tsernoglou, D. / Weiss, M.S. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pho.cif.gz | 76.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pho.ent.gz | 57.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pho.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pho_validation.pdf.gz | 366.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pho_full_validation.pdf.gz | 386.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pho_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pho_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/1pho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/1pho | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE FOLLOWING RESIDUES COULD NOT BE MODELLED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND ARE INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION ONLY FOR CONVENIENCE: ASP 25, ASN 26, ALA 32, ...1: THE FOLLOWING RESIDUES COULD NOT BE MODELLED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND ARE INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION ONLY FOR CONVENIENCE: ASP 25, ASN 26, ALA 32, SER 33, ASP 181, PHE 182, GLY 183, ASP 184, ASN 198, GLU 199, SER 204, GLY 249, ASP 319, SER 320, AND ASP 321. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36871.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02932 |
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配列の詳細 | THESE COORDINATES ARE IN AN INTERMEDIATE STAGE OF REFINEMENT AND WILL BE UPDATED SOON. THE RESIDUE ...THESE COORDINATE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 9.8 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / Num. obs: 8685 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.09 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→8 Å / Rfactor Rwork: 0.222 / Rfactor obs: 0.222 詳細: ATOMS THAT ARE NOT WELL DEFINED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY HAVE A WEIGHT OF ZERO. THE FOLLOWING RESIDUES COULD NOT BE MODELLED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND ARE INCLUDED ...詳細: ATOMS THAT ARE NOT WELL DEFINED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY HAVE A WEIGHT OF ZERO. THE FOLLOWING RESIDUES COULD NOT BE MODELLED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND ARE INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION ONLY FOR CONVENIENCE: 25-33 181-184 198-199 204 249 319-321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.9 |