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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p28 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a pheromone binding protein from the cockroach Leucophaea maderae in complex with a component of the pheromonal blend: 3-hydroxy-butan-2-one. | ||||||
要素 | pheromone binding proteinInsect pheromone-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Pheromone binding protein / 3-hydroxy-butan-2-one | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leucophaea maderae (ゴキブリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Lartigue, A. / Gruez, A. / Spinelli, S. / Riviere, S. / Brossut, R. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A COCKROACH PHEROMONE-BINDING PROTEIN SUGGESTS A NEW LIGAND BINDING AND RELEASE MECHANISM 著者: Lartigue, A. / Gruez, A. / Spinelli, S. / Riviere, S. / Brossut, R. / Tegoni, M. / Cambillau, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p28.cif.gz | 59.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p28.ent.gz | 47.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/1p28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/1p28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14159.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leucophaea maderae (ゴキブリ) / プラスミド: pET22b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(De3) / 参照: UniProt: Q8MTC1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: NaCitrate, Na/K Tartrate, Ammonium Sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Sulzenbacher, G., (2002) Acta Cryst., D58, 2109. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.919214 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919214 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→29.748 Å / Num. all: 23078 / Num. obs: 23078 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.182 / % possible all: 93.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 93.1 % / Rmerge(I) obs: 0.182 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.865 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.895 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.141 / Rfactor Rwork: 0.184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å |