PDB-6cun: Engineered Cytochrome c from Rhodothermus marinus (Rma TDE) bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cun

タイトル

Engineered Cytochrome c from Rhodothermus marinus (Rma TDE) bound to carbene intermediate (1-ethoxy-1-oxopropan-2-ylidene)

要素

Cytochrome c

キーワード

LYASE / Carbene transferase / silicon-carbon bond

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodothermus marinus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Lewis, R.D. / Buller, A.R. / Arnold, F.H.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1513007	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE-1361104	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CBET-1403077	米国

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Catalytic iron-carbene intermediate revealed in a cytochromeccarbene transferase.
著者: Lewis, R.D. / Garcia-Borras, M. / Chalkley, M.J. / Buller, A.R. / Houk, K.N. / Kan, S.B.J. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2018年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2021年3月10日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cun.cif.gz	64.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cun.ent.gz	46.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cun_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cun_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6cun_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	6cun_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cun	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cukSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p28-1 2fz5-d 6cuk-d 1k0k-d 2vyy-d 3ios-d 1ypr-2 6rix-1 2fax-d 4tn8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (5)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome c

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.343, 60.343, 77.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Cytochrome c 分子量: 14029.785 Da / 分子数: 1 / 変異: V75T, M100D, M103E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodothermus marinus (バクテリア) 遺伝子: cytC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3FQS5
#2: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CA1 / ETHYL PROPIONATE / プロピオン酸エチル分子量: 102.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.49 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.43-1.48 M (NH4)2SO4 300-400 mM NaSCN 1.5% isopropanol 2:1 ratio of Rma TDE (14 mg/mL in 20mM Tris HCl pH 7.5) to well solution Crystals were soaked in well solution supplemented with 40 mM ...詳細: 1.43-1.48 M (NH4)2SO4 300-400 mM NaSCN 1.5% isopropanol 2:1 ratio of Rma TDE (14 mg/mL in 20mM Tris HCl pH 7.5) to well solution Crystals were soaked in well solution supplemented with 40 mM ethyl 2-diazopropanoate under aerobic conditions for 30 minutes, followed by addition of sodium dithionite (50 mM) and freezing with liquid nitrogen

結晶

マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.49 % / 解説: Rods

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.43-1.48 M (NH4)2SO4 300-400 mM NaSCN 1.5% isopropanol 2:1 ratio of Rma TDE (14 mg/mL in 20mM Tris HCl pH 7.5) to well solution Crystals were soaked in well solution supplemented with 40 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→38.62 Å / Num. obs: 39554 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.29→1.32 Å / 冗長度: 16.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CUK

6cuk

解像度: 1.29→38.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.211 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20234	1935	4.7 %	RANDOM
R_work	0.18095	-	-	-
obs	0.18192	39554	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.775 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0.26 Å²	0 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.29→38.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	847	0	50	100	997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.02	919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.814	2.128	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.014	3.002	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.653	5	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.652	23.684	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.721	15	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.403	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.899	1.236	446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.899	1.234	445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.43	1.845	554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.429	1.847	555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.275	1.357	473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.274	1.361	474
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.791	2.007	698
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.108	15.785	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.928	15.127	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.29→1.323 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	149	-
R_work	0.259	2873	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.0653	2.7467	-0.0211	8.241	-3.3225	5.423	-0.1446	0.6686	-0.0773	-0.5212	0.2366	0.2666	0.1288	-0.4079	-0.0919	0.0484	-0.0335	-0.014	0.1552	0.0058	0.047	17.2303	-26.9337	4.8625
2	4.3863	-0.3165	-0.2485	6.4546	0.8855	4.473	0.0447	-0.1583	0.0821	-0.1032	0.0097	0.1744	-0.188	-0.1334	-0.0544	0.0313	-0.0224	0.0152	0.1287	0.018	0.0685	18.7377	-25.7474	12.6089
3	10.0378	-3.4919	3.5162	6.5329	-4.4652	5.8441	0.044	0.1204	0.352	-0.1993	-0.0037	0.5333	-0.4808	-0.4322	-0.0403	0.202	0.063	-0.0776	0.1139	-0.0176	0.1424	26.9612	-9.4519	17.0459
4	5.3336	-3.9586	-1.0165	5.8	1.043	4.8828	0.0549	-0.1998	0.1701	0.0854	0.0161	-0.2209	-0.1287	0.3135	-0.071	0.039	-0.0116	0.0013	0.1098	-0.0042	0.0406	38.3699	-17.7401	16.001
5	4.2465	-0.3331	2.2406	2.9721	-1.3593	2.5696	-0.0159	0.2646	-0.0548	-0.0551	-0.168	-0.1291	0.0259	0.4437	0.1839	0.0088	0.0184	-0.0004	0.142	0.0181	0.0485	40.9564	-22.7092	6.2165
6	2.4601	-5.7246	-0.2474	13.758	-0.9931	5.6596	0.2662	0.0077	0.1546	-0.6375	-0.2528	-0.3607	0.0473	0.8521	-0.0135	0.0616	-0.062	0.0586	0.3112	-0.0923	0.0661	40.5909	-19.3685	-0.4612
7	2.7741	-1.1711	-0.2446	4.4395	1.064	4.8138	-0.0364	0.2092	-0.0946	-0.0282	0.0438	0.051	0.1552	0.2954	-0.0074	0.0422	-0.0018	0.0155	0.1248	-0.0158	0.0222	36.4363	-20.536	1.8374
8	6.4497	1.5157	0.8135	4.0628	1.5492	6.7918	-0.074	0.2775	0.3524	-0.2183	0.1097	0.0967	-0.3748	-0.1346	-0.0358	0.0502	0.0016	0.0019	0.1	0.0266	0.0346	27.8406	-16.136	1.6384
9	2.1827	0.7481	-1.1148	1.7758	-1.7412	3.455	-0.0533	0.1632	-0.0012	-0.026	0.1286	0.0103	0.0562	-0.1952	-0.0753	0.0245	-0.0101	0.008	0.095	0.0019	0.0292	24.1794	-23.5277	7.4024
10	2.1433	1.6172	0.872	8.2498	3.2508	6.0682	-0.0014	0.2365	-0.4123	-0.0562	0.2029	-0.3583	0.4891	0.2242	-0.2015	0.0674	0.0075	0.0071	0.0685	-0.0427	0.0863	27.9931	-32.0228	8.943
11	7.0644	1.1515	-0.1459	12.2722	-0.0956	9.3772	0.103	0.055	-0.4977	-0.0698	0.0504	0.486	0.6505	-0.1544	-0.1533	0.0979	-0.0576	-0.0014	0.119	-0.0456	0.083	23.5408	-33.0748	1.9011
12	13.4789	0.6646	1.0685	7.6162	0.6169	12.0073	-0.1788	0.2084	-0.3646	-0.5251	0.0431	0.0826	0.2095	0.0825	0.1357	0.1286	-0.0245	0.0162	0.1137	-0.0618	0.0434	30.0158	-31.8968	-3.9737
13	0.5571	-0.7082	-2.0881	0.9764	2.6224	7.9267	-0.22	-0.3017	-0.0263	0.2529	0.2574	0.0112	0.6331	1.3084	-0.0374	0.1406	-0.0347	0.1138	0.5033	-0.1411	0.165	35.926	-31.5832	6.4052
14	1.0846	0.9258	0.1992	5.196	-2.3273	4.6826	0.0611	-0.0102	-0.0276	0.1285	-0.0168	0.074	-0.0125	-0.0134	-0.0443	0.0526	0.0095	0.0091	0.0715	-0.0044	0.0344	29.9268	-19.323	15.9354
15	11.6971	-7.0258	2.521	5.5859	2.8453	16.758	0.1854	0.6556	0.8283	-0.4429	-0.1829	-0.3287	-1.5216	0.4677	-0.0025	0.2124	0.0383	0.1186	0.1213	0.1781	0.3112	30.6678	-9.9729	8.1959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	34 - 44
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	45 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	51 - 55
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	56 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	62 - 66
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	67 - 74
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	75 - 83
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	84 - 89
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	90 - 95
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	96 - 105
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	106 - 117
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	118 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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