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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p19 | ||||||
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タイトル | Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase from Trypanosoma cruzi, in complex with the product IMP | ||||||
要素 | hypoxanthine phosphoribosyltransferaseヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDE METABOLISM (ヌクレオチド) / PURINE SALVAGE / PRODUCT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Medrano, F.J. / Eakin, A.E. / Craig III, S.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Interactions at the dimer interface influence the relative efficiencies for purine nucleotide synthesis and pyrophosphorolysis in a phosphoribosyltransferase. 著者: Canyuk, B. / Medrano, F.J. / Wenck, M.A. / Focia, P.J. / Eakin, A.E. / Craig III, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p19.cif.gz | 181.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p19.ent.gz | 143.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/1p19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/1p19 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | There are two copies of the biological dimer in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25595.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ) 遺伝子: HGPRT / プラスミド: pTcPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q27796, UniProt: Q4DRC4*PLUS, ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-IMP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: PEG 6000, Sodium Acetate, Ammonium Acetate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 44180 / Num. obs: 44180 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 87.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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