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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ovl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nurr1 LBD | ||||||
要素 | (Orphan nuclear receptor NURR1 (MSE ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Nuur1 / LBD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ストレス (生体) / habenula development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system neuron differentiation / central nervous system projection neuron axonogenesis / regulation of dopamine metabolic process / : / nuclear glucocorticoid receptor binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / regulation of respiratory gaseous exchange ...ストレス (生体) / habenula development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system neuron differentiation / central nervous system projection neuron axonogenesis / regulation of dopamine metabolic process / : / nuclear glucocorticoid receptor binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / regulation of respiratory gaseous exchange / neuron maturation / dopaminergic neuron differentiation / dopamine biosynthetic process / fat cell differentiation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / response to amphetamine / adult locomotory behavior / post-embryonic development / neuron migration / SUMOylation of intracellular receptors / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Liu, J. / Walker, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2003 タイトル: Structure and Function of Nurr1 identifies a Class of Ligand-Independent Nuclear Receptors 著者: Wang, Z. / Benoit, G. / Liu, J. / Prasad, S. / Aarnisalo, P. / Liu, X. / Xu, H. / Walker, N. / Perlmann, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ovl.cif.gz | 289.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ovl.ent.gz | 242.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ovl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ovl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/1ovl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Orphan nuclear receptor NURR1 (MSE ... , 2種, 6分子 ADBCEF
#1: タンパク質 | 分子量: 30670.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A2 OR NURR1 OR TINUR OR NOT / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43354 #2: タンパク質 | 分子量: 30716.936 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A2 OR NURR1 OR TINUR OR NOT / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43354 |
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-非ポリマー , 4種, 590分子
#3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-BR / #5: 化合物 | ChemComp-IOD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: PEG3350,KBr, Hepes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月29日 |
放射 | モノクロメーター: Double cyrstal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→34.7 Å / Num. all: 287222 / Num. obs: 82388 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 91.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 287222 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→500 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→500 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |