PDB-4c3y: Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c3y

タイトル

Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhodococcus erythropolis SQ1 in complex with 1,4-androstadiene-3,17- dione

要素

3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / ROSSMANN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxosteroid 1-dehydrogenase activity / steroid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOCOCCUS ERYTHROPOLIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Rohman, A. / van Oosterwijk, N. / Thunnissen, A.M.W.H. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure and Site-Directed Mutagenesis of 3-Ketosteroid Delta1-Dehydrogenase from Rhodococcus Erythropolis Sq1 Explain its Catalytic Mechanism
著者: Rohman, A. / Van Oosterwijk, N. / Thunnissen, A.M.W.H. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2013年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c3y.cif.gz	776 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c3y.ent.gz	638.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c3xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c3x-2 1ovl-d 4c3x-1 2zee-3 2afu-3 2afo-3 1h7o-1 2zel-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

B: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

C: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

D: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

E: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

F: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

G: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

H: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

452 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

B: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

C: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

D: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
226 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

F: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

G: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

H: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
226 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.747, 132.142, 363.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 510 / Label seq-ID: 23 - 530

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE / 3-KETOSTEROID DELTA1-DEHYDROGENASE 分子量: 55262.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) RHODOCOCCUS ERYTHROPOLIS (バクテリア) 株: SQ1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RA02, 3-oxosteroid 1-dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 1440分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ANB / ANDROSTA-1,4-DIENE-3,17-DIONE / アンドロスタ-1,4-ジエン-3,17-ジオン分子量: 284.393 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₄O₂ / コメント: ホルモン*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4): THE MOLECULES ARE FROM CRYSTALLIZATION BUFFER FLAVIN-ADENINE ...TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4): THE MOLECULES ARE FROM CRYSTALLIZATION BUFFER FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE (FAD): THE MOLECULES ARE NATIVELY BOUND TO THE PROTEIN ANDROSTA-1,4-DIENE-3,17-DIONE (ANB): THE MOLECULES ARE FROM CO-CRYSTALLIZATION SODIUM ION (NA): THE IONS ARE MOST LIKELY FROM PROTEIN STORAGE BUFFER
配列の詳細	AN N-TERMINUS HIS6-TAG AND LINKER, MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH, WAS ADDED TO THE PROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % 解説: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY RIGID BODY REFINEMENT USING THE NATIVE STRUCTURE WITH THE PROGRAM REFMAC5
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2% (V/V) PEG (POLYETHYLENE GLYCOL) 400, 0.1 M HEPES (4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINEETHANESULFONIC ACID) BUFFER PH 7.5, 2.0 M AMMONIUM SULFATE. SITTING DROP. TEMPERATURE 293 K. THE PROTEIN ...詳細: 2% (V/V) PEG (POLYETHYLENE GLYCOL) 400, 0.1 M HEPES (4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINEETHANESULFONIC ACID) BUFFER PH 7.5, 2.0 M AMMONIUM SULFATE. SITTING DROP. TEMPERATURE 293 K. THE PROTEIN SOLUTION SAMPLE WAS INCUBATED WITH 1,4-ANDROSTADIENE-3,17-DIONE POWDER ON ICE FOR 3 H PRIOR TO THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENT.

結晶

マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
解説: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY RIGID BODY REFINEMENT USING THE NATIVE STRUCTURE WITH THE PROGRAM REFMAC5

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% (V/V) PEG (POLYETHYLENE GLYCOL) 400, 0.1 M HEPES (4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINEETHANESULFONIC ACID) BUFFER PH 7.5, 2.0 M AMMONIUM SULFATE. SITTING DROP. TEMPERATURE 293 K. THE PROTEIN ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.42 Å / Num. obs: 229728 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→49.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 8.186 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24882	11485	5 %	RANDOM
R_work	0.21045	-	-	-
obs	0.21236	217960	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.418 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29620	0	674	1414	31708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	30900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	29124
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.993	42070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.743	3.008	66192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.667	5	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.845	24.26	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.761	15	4492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.837	15	224
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	4608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	35980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	6740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	30789	0.05
1	2	B	30789	0.05
2	1	A	31048	0.05
2	2	C	31048	0.05
3	1	A	30985	0.05
3	2	D	30985	0.05
4	1	A	31147	0.04
4	2	E	31147	0.04
5	1	A	30907	0.05
5	2	F	30907	0.05
6	1	A	30867	0.05
6	2	G	30867	0.05
7	1	A	30974	0.05
7	2	H	30974	0.05
8	1	B	30842	0.05
8	2	C	30842	0.05
9	1	B	30894	0.05
9	2	D	30894	0.05
10	1	B	30729	0.05
10	2	E	30729	0.05
11	1	B	30936	0.05
11	2	F	30936	0.05
12	1	B	30671	0.06
12	2	G	30671	0.06
13	1	B	30775	0.05
13	2	H	30775	0.05
14	1	C	30865	0.05
14	2	D	30865	0.05
15	1	C	30994	0.05
15	2	E	30994	0.05
16	1	C	30925	0.05
16	2	F	30925	0.05
17	1	C	30934	0.05
17	2	G	30934	0.05
18	1	C	30851	0.05
18	2	H	30851	0.05
19	1	D	31120	0.05
19	2	E	31120	0.05
20	1	D	31084	0.04
20	2	F	31084	0.04
21	1	D	30787	0.06
21	2	G	30787	0.06
22	1	D	31015	0.05
22	2	H	31015	0.05
23	1	E	30907	0.05
23	2	F	30907	0.05
24	1	E	30933	0.04
24	2	G	30933	0.04
25	1	E	31005	0.05
25	2	H	31005	0.05
26	1	F	30796	0.05
26	2	G	30796	0.05
27	1	F	30976	0.05
27	2	H	30976	0.05
28	1	G	30706	0.06
28	2	H	30706	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.414	761	-
R_work	0.357	14707	-
obs	-	-	95.87 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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