PDB-4c3x: Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c3x

タイトル

Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhodococcus erythropolis SQ1

要素

3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / ROSSMANN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxosteroid 1-dehydrogenase activity / steroid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOCOCCUS ERYTHROPOLIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Rohman, A. / van Oosterwijk, N. / Thunnissen, A.M.W.H. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure and Site-Directed Mutagenesis of 3-Ketosteroid Delta1-Dehydrogenase from Rhodococcus Erythropolis Sq1 Explain its Catalytic Mechanism
著者: Rohman, A. / Van Oosterwijk, N. / Thunnissen, A.M.W.H. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2013年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c3x.cif.gz	815.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c3x.ent.gz	671.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c3yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c3y-2 1ne7-d 5hj5-6 4c3y-1 5hj5-5 2nt1-d 1fs6-1 3hn6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

B: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

C: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

D: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

E: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

F: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

G: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

H: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

457 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

B: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

C: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

D: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
228 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

F: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

G: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

H: 3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
228 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.385, 131.625, 363.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 510 / Label seq-ID: 23 - 530

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.2142, 0.9762, -0.03288), (0.9768, 0.2143, -0.000977), (0.006092, -0.03233, -0.9995)	-26.72, 23.26, 84.89
2	given	(-0.9308, 0.2353, -0.2798), (-0.2907, -0.9404, 0.1765), (-0.2216, 0.2456, 0.9437)	-75.66, -85.44, -6.54
3	given	(-0.09033, -0.9726, 0.2142), (-0.9653, 0.03258, -0.2591), (0.245, -0.2302, -0.9418)	-95.46, -67.65, 93.8
4	given	(-0.9633, -0.03116, -0.2667), (-0.02563, -0.978, 0.2069), (-0.2673, 0.2061, 0.9413)	-145.4, -4.505, -34.27
5	given	(0.1857, -0.9536, 0.237), (-0.9445, -0.2397, -0.2246), (0.271, -0.1821, -0.9452)	0.06521, -119.2, 119.5
6	given	(0.9644, -0.26, 0.04896), (0.2597, 0.9656, 0.01306), (-0.05067, 0.00012, 0.9987)	68.18, -43.77, -10.17
7	given	(0.02875, 0.9996, -0.002541), (0.9993, -0.02868, 0.02366), (0.02358, -0.003219, -0.9997)	-86.99, 80.73, 92.81

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 20分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質

3-KETOSTEROID DEHYDROGENASE / 3-KETOSTEROID DELTA1-DEHYDROGENASE

分子量: 55262.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

RHODOCOCCUS ERYTHROPOLIS (バクテリア)
株: SQ1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RA02, 3-oxosteroid 1-dehydrogenase

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 3009分子

#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2970 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4): THE MOLECULES ARE FROM CRYSTALLIZATION BUFFER SUCROSE (SUC): THE ...TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4): THE MOLECULES ARE FROM CRYSTALLIZATION BUFFER SUCROSE (SUC): THE MOLECULES ARE FROM CRYOPROTECTANT FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE (FAD): THE MOLECULES ARE NATIVELY BOUND TO THE PROTEIN CHLORIDE ION (CL): THE IONS ARE MOST LIKELY FROM PROTEIN STORAGE BUFFER SODIUM ION (NA): THE IONS ARE MOST LIKELY FROM PROTEIN STORAGE BUFFER

非ポリマーの詳細

TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4): THE MOLECULES ARE FROM CRYSTALLIZATION BUFFER SUCROSE (SUC): THE ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2% (V/V) PEG (POLYETHYLENE GLYCOL) 400, 0.1 M HEPES (4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINEETHANESULFONIC ACID) BUFFER PH 7.5, 2.0 M AMMONIUM SULFATE. SITTING DROP. TEMPERATURE 293 K.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月5日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→49.7 Å / Num. obs: 345382 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→49.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.927 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20805	17446	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17733	-	-	-
obs	0.17886	327731	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.662 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29620	0	959	2970	33549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	31152
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	29430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	2.001	42333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.765	3.012	66846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.877	5	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.191	24.26	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.428	15	4492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.676	15	224
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	4676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	35884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	6716
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	31086	0.05
1	2	B	31086	0.05
2	1	A	31392	0.04
2	2	C	31392	0.04
3	1	A	31412	0.05
3	2	D	31412	0.05
4	1	A	31591	0.04
4	2	E	31591	0.04
5	1	A	31282	0.04
5	2	F	31282	0.04
6	1	A	31425	0.04
6	2	G	31425	0.04
7	1	A	31378	0.04
7	2	H	31378	0.04
8	1	B	31020	0.06
8	2	C	31020	0.06
9	1	B	31242	0.05
9	2	D	31242	0.05
10	1	B	31071	0.05
10	2	E	31071	0.05
11	1	B	31181	0.05
11	2	F	31181	0.05
12	1	B	31011	0.05
12	2	G	31011	0.05
13	1	B	31193	0.05
13	2	H	31193	0.05
14	1	C	31209	0.05
14	2	D	31209	0.05
15	1	C	31396	0.04
15	2	E	31396	0.04
16	1	C	31208	0.05
16	2	F	31208	0.05
17	1	C	31384	0.04
17	2	G	31384	0.04
18	1	C	31226	0.05
18	2	H	31226	0.05
19	1	D	31379	0.05
19	2	E	31379	0.05
20	1	D	31408	0.03
20	2	F	31408	0.03
21	1	D	31212	0.05
21	2	G	31212	0.05
22	1	D	31507	0.04
22	2	H	31507	0.04
23	1	E	31238	0.05
23	2	F	31238	0.05
24	1	E	31371	0.04
24	2	G	31371	0.04
25	1	E	31355	0.05
25	2	H	31355	0.05
26	1	F	31204	0.04
26	2	G	31204	0.04
27	1	F	31370	0.04
27	2	H	31370	0.04
28	1	G	31192	0.04
28	2	H	31192	0.04

LS精密化シェル

解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	1247	-
R_work	0.301	22313	-
obs	-	-	96.72 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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