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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oaf | ||||||
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タイトル | Ascobate peroxidase from soybean cytosol in complex with ascorbate | ||||||
要素 | ASCORBATE PEROXIDASEアスコルビン酸ペルオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HEME PEROXIDASE / PEROXIDE SCAVENGE / ASCORBATE PEROXIDASE (アスコルビン酸ペルオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アスコルビン酸ペルオキシダーゼ / L-ascorbate peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | GLYCINE MAX (ダイズ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sharp, K.H. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of the Ascorbate Peroxidase-Ascorbate Complex 著者: Sharp, K.H. / Mewies, M. / Moody, P.C.E. / Raven, E.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oaf.cif.gz | 131.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oaf.ent.gz | 101.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oaf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oaf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28361.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GLYCINE MAX (ダイズ) / 解説: N-TERMINAL 6-HIS TAG / プラスミド: PAPX4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 参照: UniProt: Q43758, アスコルビン酸ペルオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 糖 | ChemComp-ASC / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.3 / 詳細: 2.25M LI2SO4, 0.1M HEPES, PH8.3, pH 8.30 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→54 Å / Num. obs: 49370 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 57.74 Å / Num. measured all: 339792 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 96.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1APX 解像度: 1.4→57.74 Å / SU B: 0.886 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.065 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.RESIDUE 1 AND THE N-TERMINAL HIS-TAG ARE NOT VISIBLE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.671 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→57.74 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / Rfactor Rfree: 0.214 / Rfactor Rwork: 0.196 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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