PDB-5l86: engineered ascorbate peroxidise

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l86

タイトル

engineered ascorbate peroxidise

要素

Ascorbate peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / protein engineering / peroxidase / heme / apx2 / methyl histidine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-ascorbate peroxidase / L-ascorbate peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hayashi, T. / Mittl, P. / Hilvert, D.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: A Chemically Programmed Proximal Ligand Enhances the Catalytic Properties of a Heme Enzyme.
著者: Green, A.P. / Hayashi, T. / Mittl, P.R. / Hilvert, D.

履歴

登録	2016年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l86.cif.gz	211.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l86.ent.gz	167.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l86_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l86_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5l86_validation.xml.gz	25.4 KB	表示
CIF形式データ	5l86_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1v0hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vnx-d 1oaf-d 3ds8-d 2xj6-d 4fuf-d 2ggn-d 3zcy-d 5jqr-d 1v0h-d 6p0p-2 2vcf-d 2cl4-d 3zch-d 2ghc-d 3ggd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ascorbate peroxidase

B: Ascorbate peroxidase

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ascorbate peroxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ascorbate peroxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.460, 81.950, 69.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 249 / Label seq-ID: 1 - 247

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Ascorbate peroxidase / Cytosolic ascorbate peroxidase 1 分子量: 26814.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MHS: N(delta)-methyl histidine / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: apx1, GLYMA_U021900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43758, L-ascorbate peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM bis-tris, pH 5.5, 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→60 Å / Num. obs: 73768 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 31.798 Å² / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.353 / Net I/σ(I): 4.73

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.95		3.688	0.56	1	100
1.95-2		2.805	0.75	1	100
2-2.1		1.869	1.15	1	100
2.1-2.25		1.422	1.55	1	100
2.25-2.5		0.95	2.37	1	100
2.5-3		0.551	4.07	1	100
3-4		0.188	9.42	1	100
4-5		0.109	15.82	1	100
5-6		0.117	15	1	100
	6	0.084	18.26	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1v0h

1v0h

解像度: 1.9→58.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 10.049 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.152

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	1910	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1794	-	-	-
obs	0.1819	36931	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.87 Å² / B_iso mean: 30.877 Å² / B_iso min: 14.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→58.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3788	0	116	385	4289
B_iso mean	-	-	32.99	38.2	-
残基数	-	-	-	-	494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	4014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.818	2.026	5474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.363	5	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.749	24.286	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.037	15	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.295	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.022	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.132	2.087	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.872	3.124	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.55	2.24	2040

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 648 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	122	-
R_work	0.35	2687	-
all	-	2809	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8677	0.1215	0.083	1.2468	-0.2252	0.9165	-0.0014	-0.0242	-0.0765	0.0007	0.0868	0.1985	0.0233	-0.1153	-0.0854	0.0044	-0.0054	0.0145	0.0211	0.0142	0.1247	-6.649	-5.3894	12.5543
2	2.1788	0.2481	-0.1576	1.0141	0.0367	0.6545	0.062	0.2255	0.1363	-0.094	-0.0473	0.0618	0.0146	-0.0279	-0.0148	0.0155	0.02	-0.0037	0.0457	-0.0005	0.0552	9.4716	2.8839	-16.6336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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