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万見
- PDB-7bi1: XFEL crystal structure of soybean ascorbate peroxidase compound II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bi1
タイトルXFEL crystal structure of soybean ascorbate peroxidase compound II
要素Ascorbate peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Intermediates / Heme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbate peroxidase / L-ascorbate peroxidase activity / chloroplast / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / L-ascorbate peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kwon, H. / Tosha, T. / Sugimoto, H. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N015940/1 英国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: XFEL Crystal Structures of Peroxidase Compound II.
著者: Kwon, H. / Basran, J. / Pathak, C. / Hussain, M. / Freeman, S.L. / Fielding, A.J. / Bailey, A.J. / Stefanou, N. / Sparkes, H.A. / Tosha, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Murakami, H. / Ueno, ...著者: Kwon, H. / Basran, J. / Pathak, C. / Hussain, M. / Freeman, S.L. / Fielding, A.J. / Bailey, A.J. / Stefanou, N. / Sparkes, H.A. / Tosha, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Murakami, H. / Ueno, G. / Ago, H. / Tono, K. / Yamamoto, M. / Sawai, H. / Shiro, Y. / Sugimoto, H. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E.
履歴
登録2021年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0173
ポリマ－28,3621
非ポリマー6562
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.935, 81.935, 75.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-419-

HOH

21A-424-

HOH

31A-435-

HOH

41A-632-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ascorbate peroxidase / Cytosolic ascorbate peroxidase 1 / Uncharacterized protein


分子量: 28361.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: apx1, GLYMA_U021900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43758, L-ascorbate peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.25 M Lithium sulfate, 0.1 M HEPES pH 8.3 - 8.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→58 Å / Num. obs: 41508 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 662 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.51 Å / Num. unique obs: 8746 / CC1/2: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JPR

5jpr


解像度: 1.5→58 Å / 交差検証法: THROUGHOUT /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.14 --
obs-41508 100 %
原子変位パラメータBiso max: 114.46 Å2 / Biso mean: 31.6152 Å2 / Biso min: 16.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1881 0 44 284 2209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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