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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nfp | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL REFINEMENT OF THE NON-FLUORESCENT FLAVOPROTEIN FROM PHOTOBACTERIUM LEIOGNATHI AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | LUXF GENE PRODUCT | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / FLAVIN MONONUCLEOTIDE (フラビンモノヌクレオチド) / MYRISTATE (ミリスチン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photobacterium leiognathi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Moore, S.A. / Njames, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: Structural refinement of the non-fluorescent flavoprotein from Photobacterium leiognathi at 1.60 A resolution. 著者: Moore, S.A. / James, M.N. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: Common Structural Features of the Luxf Protein and the Subunits of Bacterial Luciferase: Evidence for a (Beta(Slash)Alpha)8 Fold in Luciferase 著者: Moore, S.A. / James, M.N.G. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of a Flavoprotein Related to the Subunits of Bacterial Luciferase 著者: Moore, S.A. / James, M.N.G. / O'Kane, D.J. / Lee, J. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Crystallization of Photobacterium Leiognathi Nfp, Non-Fluorescent Flavoprotein an Unusual Flavoprotein with Limited Sequence Identity to Bacterial Luciferase 著者: Moore, S.A. / James, M.N.G. / O'Kane, D.J. / Lee, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nfp.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nfp.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nfp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/1nfp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/1nfp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: 1 1 .. 423 TWO-FOLD AXIS AT 0,Y,1/4: THE MOLECULE IS A SYMMETRICAL HOMODIMER. SYMMETRY1 1 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 49.66500 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26312.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photobacterium leiognathi (バクテリア) 参照: UniProt: P09142 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE STRUCTURAL FORMULA HYDROGEN ATOMS EQUIVALENTS PERTAIN TO THE OXIDIZED STATE OF FMN. THE ...THE STRUCTURAL | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % / 解説: DATA COLLECTED FROM TWO CRYSTALS | |||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 51 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å |
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検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年11月1日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 28223 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 84138 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Biso Wilson estimate: 16.07 Å2 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.67 Å / % possible obs: 65.6 % / Num. unique obs: 2590 / Num. measured obs: 3954 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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