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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ncq | |||||||||
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タイトル | The structure of HRV14 when complexed with pleconaril, an antiviral compound | |||||||||
要素 | (COAT PROTEIN ...) x 4 | |||||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / rhinovirus 14 (ライノウイルス) / HRV / pleconaril / Icosahedral virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / DNA複製 / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Simpson, A.A. / Bator, C.M. / Chakravarty, S. / Pevear, D.C. / Skochko, G.A. / Tull, T.M. / Diana, G. / Rossmann, M.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2004 タイトル: Structural and virological studies of the stages of virus replication that are affected by antirhinovirus compounds 著者: Zhang, Y. / Simpson, A.A. / Ledford, R.M. / Bator, C.M. / Chakravarty, S. / Skochko, G.A. / Demenczuk, T.M. / Watanyar, A. / Pevear, D.C. / Rossmann, M.G. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | AUTHORS STATE THAT RESIDUE 170 (CHAIN B) CAN BE ILE OR LEU, AS SEEN IN OTHER DATABASE REFERENCE SEQUENCES. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ncq.cif.gz | 169.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ncq.ent.gz | 136.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ncq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/1ncq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/1ncq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 |
| x 5||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 20||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-COAT PROTEIN ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 32560.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirusライノウイルス / 細胞株: hela cells / 生物種: Human rhinovirus B / 参照: UniProt: P03303 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28501.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirusライノウイルス / 細胞株: hela cells / 生物種: Human rhinovirus B / 参照: UniProt: P03303 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26236.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirusライノウイルス / 細胞株: hela cells / 生物種: Human rhinovirus B / 参照: UniProt: P03303 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7183.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human rhinovirus 14 (ライノウイルス) 属: Rhinovirusライノウイルス / 細胞株: hela cells / 生物種: Human rhinovirus B / 参照: UniProt: P03303 |
-非ポリマー , 2種, 243分子
#5: 化合物 | ChemComp-W11 / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 詳細: The crystal was soaked in stabilization buffer containing 2ug/ml pleconaril before data collection | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 671838 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 1675367 / Rmerge(I) obs: 70.3 / Rmerge F obs: 0.077 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 26.3 % / Rmerge(I) obs: 0.456 |
-解析
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.216 / Rfactor Rwork: 0.217 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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