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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n6k | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Rab5a A30P mutant complex with GDP and aluminum fluoride | ||||||
要素 | Ras-related protein Rab-5A | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Rab / GTPase (GTPアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of endosome size / postsynaptic early endosome / cytoplasmic side of early endosome membrane / シナプス小胞 / amyloid-beta clearance by transcytosis / modulation by host of viral process / regulation of autophagosome assembly / regulation of filopodium assembly / RAB geranylgeranylation / early endosome to late endosome transport ...regulation of endosome size / postsynaptic early endosome / cytoplasmic side of early endosome membrane / シナプス小胞 / amyloid-beta clearance by transcytosis / modulation by host of viral process / regulation of autophagosome assembly / regulation of filopodium assembly / RAB geranylgeranylation / early endosome to late endosome transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / early phagosome / TBC/RABGAPs / regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of exocytosis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / 細胞内膜系 / phagocytic vesicle / axon terminus / 食作用 / somatodendritic compartment / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / ruffle / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / intracellular protein transport / terminal bouton / receptor internalization / エンドサイトーシス / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / メラノソーム / シナプス小胞 / マイクロフィラメント / Clathrin-mediated endocytosis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / early endosome membrane / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / 樹状突起 / neuronal cell body / GTP binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, G. / Liu, J. / Terzyan, S. / Zhai, P. / Li, G. / Zhang, X.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: High Resolution Crystal Structures of Human Rab5a and Five Mutants with Substitutions in the Catalytically Important Phosphate-Binding Loop 著者: Zhu, G. / Liu, J. / Terzyan, S. / Zhai, P. / Li, G. / Zhang, X.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n6k.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n6k.ent.gz | 38.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n6k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/1n6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/1n6k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19013.609 Da / 分子数: 1 / 断片: GTPASE DOMAIN / 変異: A30P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20339 |
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-非ポリマー , 5種, 254分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 化合物 | ChemComp-AF3 / |
#5: 化合物 | ChemComp-BME / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月3日 |
放射 | モノクロメーター: OSMIC OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→20 Å / Num. all: 22654 / Num. obs: 22063 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 31 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 91.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 22654 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 116591 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.55→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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