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- PDB-1lsl: Crystal Structure of the Thrombospondin-1 Type 1 Repeats -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lsl
タイトルCrystal Structure of the Thrombospondin-1 Type 1 Repeats
要素Thrombospondin 1
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / TSP-1 / TSR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / collagen V binding / negative regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / chronic inflammatory response / negative regulation of sprouting angiogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins ...negative regulation of antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / collagen V binding / negative regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / chronic inflammatory response / negative regulation of sprouting angiogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / engulfment of apoptotic cell / low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of focal adhesion assembly / fibrinogen complex / peptide cross-linking / positive regulation of chemotaxis / fibrinogen binding / Signaling by PDGF / Α顆粒 / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage activation / negative regulation of plasminogen activation / transforming growth factor beta binding / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of fibroblast migration / 血管新生 / proteoglycan binding / negative regulation of endothelial cell migration / extracellular matrix structural constituent / Syndecan interactions / endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of cell-matrix adhesion / phosphatidylserine binding / positive regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of cGMP-mediated signaling / response to testosterone / fibroblast growth factor binding / behavioral response to pain / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of endothelial cell proliferation / response to magnesium ion / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibronectin binding / response to unfolded protein / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Integrin cell surface interactions / laminin binding / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / response to glucose / response to mechanical stimulus / positive regulation of phosphorylation / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of angiogenesis / 細胞外マトリックス / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of translation / platelet alpha granule lumen / 筋小胞体 / response to progesterone / 分泌 / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cellular response to growth factor stimulus / response to calcium ion / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 遊走 / integrin binding / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / cellular response to heat / heparin binding / cellular response to tumor necrosis factor / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / 免疫応答 / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / 小胞体 / apoptotic process / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / 小胞体
類似検索 - 分子機能
TSP-1 type 1 repeat / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat / TSP type-3 repeat ...TSP-1 type 1 repeat / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Thrombospondin, C-terminal / Thrombospondin, type 3 repeat / Thrombospondin C-terminal region / Thrombospondin type-3 (TSP3) repeat profile. / Thrombospondin C-terminal domain profile. / Thrombospondin, type 3-like repeat / Thrombospondin type 3 repeat / TSP type-3 repeat / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / EGF様ドメイン / EGF様ドメイン / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Single Sheet / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF様ドメイン / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Thrombospondin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tan, K. / Duquette, M. / Liu, J. / Dong, Y. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Lawler, J. / Wang, J.-H.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the TSP-1 type 1 repeats: a novel layered fold and its biological implication.
著者: Tan, K. / Duquette, M. / Liu, J.H. / Dong, Y. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Lawler, J. / Wang, J.H.
履歴
登録2002年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombospondin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5053
ポリマ－12,1771
非ポリマー3282
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.63, 84.41, 37.17
Angle α, β, γ (deg.)90, 108.67, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thrombospondin 1 /


分子量: 12176.628 Da / 分子数: 1 / 断片: TSP Type 1 Repeats 2 and 3 (residues 434-546) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THBS1 / プラスミド: PMT-BIP-V5-HIS A / 属 (発現宿主): Drosophila / Cell (発現宿主): S2 cells / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: P07996
#2: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / α-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.5 M sodium potassium tartrate and 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.5 Msodium potassium tartrate1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoirpH5.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.00803, 1.00808, 1.0596
シンクロトロンAPS 19-ID21.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年12月17日
ADSC QUANTUM 42CCD2000年12月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GraphiteMADMx-ray1
2GraphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.008031
21.008081
31.05961
41.11
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 15123 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 15485 / Num. measured all: 162978
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1533 10 %Random
Rwork0.238 ---
all0.235 15123 --
obs0.235 15123 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.345 Å0.321 Å
Luzzati d res low-3 Å
Luzzati sigma a0.345 Å0.321 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数844 0 20 154 1018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.631
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.854
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.825
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.457 168
Rwork0.439 1545
obs-1545
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.854
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.825

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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