+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1loy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray structure of the H40A/E58A mutant of Ribonuclease T1 complexed with 3'-guanosine monophosphate | ||||||
要素 | Guanyl-specific ribonuclease T1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / RNase (リボヌクレアーゼ) / catalytic dyad (触媒三残基) / nucleophile activation / ab initio calculations (Ab initio) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus oryzae (米麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Mignon, P. / Steyaert, J. / Loris, R. / Geerlings, P. / Loverix, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: A nucleophile activation dyad in ribonucleases. A combined X-ray crystallographic/ab initio quantum chemical study 著者: Mignon, P. / Steyaert, J. / Loris, R. / Geerlings, P. / Loverix, S. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 999 | The isozyme of RNase T1 used here contains a lysine at position 25. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1loy.cif.gz | 35.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1loy.ent.gz | 22.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1loy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1loy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/1loy | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10969.589 Da / 分子数: 1 / 変異: H40A/E58A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / プラスミド: pMC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-3GP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: MPD,CaCl2,sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月30日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→33.4 Å / Num. all: 12848 / Num. obs: 12848 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.457 / % possible all: 89.9 |
反射 | *PLUS % possible obs: 94.48 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1RGA 解像度: 1.55→33.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.001 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→33.4 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|