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万見
- PDB-1loa: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF COMPLEXES OF LATHYRUS OCHRUS ISOL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1loa
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF COMPLEXES OF LATHYRUS OCHRUS ISOLECTIN I WITH GLUCOSE AND MANNOSE: FINE SPECIFICITY OF THE MONOSACCHARIDE-BINDING SITE
要素(LEGUME ISOLECTIN I ...) x 2
キーワードLECTIN (レクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-glucopyranoside / : / Lectin beta-1 and beta-2 chains / Mannose/glucose-specific lectin alpha 1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Lathyrus ochrus (マメ科)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bourne, Y. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1990
タイトル: Three-dimensional structures of complexes of Lathyrus ochrus isolectin I with glucose and mannose: fine specificity of the monosaccharide-binding site.
著者: Bourne, Y. / Roussel, A. / Frey, M. / Rouge, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Cambillau, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Two Isolectins from the Seeds of Lathyrus Ochrus
著者: Bourne, Y. / Rouge, P. / Cambillau, C.
履歴
登録1993年1月27日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
B: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
C: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
D: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
E: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
F: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
G: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
H: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,68220
ポリマ－102,5258
非ポリマー1,15712
水5,368298
1
A: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
B: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
C: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
D: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,84110
ポリマ－51,2624
非ポリマー5786
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
F: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
G: LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)
H: LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,84110
ポリマ－51,2624
非ポリマー5786
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18460 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.300, 139.800, 62.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: ALA A 80 - ASP A 81 OMEGA = 350.51 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: ALA C 80 - ASP C 81 OMEGA = 343.82 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: ALA E 80 - ASP E 81 OMEGA = 10.65 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: ALA G 80 - ASP G 81 OMEGA = 330.77 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
詳細THIS CRYSTAL FORM CONTAINS TWO DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. EACH MONOMER CONSISTS OF TWO SEPARATE POLYPEPTIDE CHAINS, ALPHA AND BETA. THE ALPHA CHAIN CONSISTS OF 181 RESIDUES AND THE BETA CHAIN CONSISTS OF 52 RESIDUES. THE BETA AND ALPHA CHAINS OF MONOMER 1 HAVE BEEN ASSIGNED *A* AND *B*. THE BETA AND ALPHA CHAINS OF MONOMER 2 HAVE BEEN ASSIGNED *C* AND *D*. THE SAME ASSIGNMENT HAS BEEN MADE FOR THE SECOND MOLECULE WITH CHAIN IDENTIFIERS *E*, *F*, *G*, *H*. EACH DIMER HAS THE TWO MONOMERS WHICH ARE RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS.

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要素

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LEGUME ISOLECTIN I ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
LEGUME ISOLECTIN I (ALPHA CHAIN)


分子量: 19847.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lathyrus ochrus (マメ科) / 器官: SEED種子 / 参照: UniProt: P04122
#2: タンパク質
LEGUME ISOLECTIN I (BETA CHAIN)


分子量: 5783.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lathyrus ochrus (マメ科) / 器官: SEED種子 / 参照: UniProt: P12306

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糖 , 1種, 4分子

#3: 糖
ChemComp-GYP / methyl alpha-D-glucopyranoside / METHYL-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE / ALPHA-METHYL-D-GLUCOPYRANOSIDE / methyl alpha-D-glucoside / methyl D-glucoside / methyl glucoside / メチルα-D-グルコピラノシド / メチル基


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DGlcp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
methyl-a-D-glucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 306分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: LEC1_LATOC SWISS-PROT RESIDUE PDB ATOM RECORDS NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE LYS 153 ALA A 153 PHE 41 TYR B 41 LYS 153 ALA C 153 PHE 41 TYR D 41 LYS 153 ALA E 153 PHE 41 TYR F 41 LYS 153 ALA G 153 PHE 41 TYR H 41

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: reservoirs contain the same ingredients as drops, but twice as consentrated. taken from Bourne, Y. et al. (1988). J. Mol. Biol., 202, 685-687.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
240 %(v/v)MPD1drop
30.05 M1dropNaCl
40.02 MHEPES1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 33640 / % possible obs: 67 % / Num. measured all: 77034 / Rmerge(I) obs: 0.082

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→8 Å / Rfactor Rwork: 0.179 / Rfactor obs: 0.179 / σ(F): 1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7110 0 60 298 7468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.179 / Rfactor Rwork: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0025
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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