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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kw4 | ||||||
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タイトル | Polyhomeotic SAM domain structure | ||||||
要素 | Polyhomeotic | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / SAM domain (SAMドメイン) / Polycomb Group (ポリコーム群タンパク質) / polymer (重合体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 germarium-derived female germ-line cyst encapsulation / response to ecdysone / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / follicle cell of egg chamber stalk formation ...germarium-derived female germ-line cyst encapsulation / response to ecdysone / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of PTEN gene transcription / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / follicle cell of egg chamber stalk formation / DNA topoisomerase binding / PRC1 complex / 多糸染色体 / anterior/posterior axis specification / central nervous system neuron development / mitotic sister chromatid segregation / heterochromatin formation / histone binding / protein-folding chaperone binding / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, C.A. / Gingery, M. / M Pilpa, R. / Bowie, J.U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002 タイトル: The SAM domain of polyhomeotic forms a helical polymer. 著者: Kim, C.A. / Gingery, M. / Pilpa, R.M. / Bowie, J.U. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE RELEVANT BIOLOGICAL UNIT MAY BE THE 65 POLYMER. HOWEVER, THE EXACT STOICHIOMETRY OF THE POLYMER CANNOT BE STATED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kw4.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kw4.ent.gz | 17 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kw4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kw4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10319.455 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM domain / 変異: L51R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39769 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: Li2SO4, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.969575, 0.97855, 0.979224 | ||||||||||||
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月13日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 17395 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル | 最高解像度: 1.75 Å / % possible all: 97 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99.1 % / Num. measured all: 224372 / Rmerge(I) obs: 0.038 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.81 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 12 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1256045.07 / Data cutoff high rms absF: 1256045.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.2429 Å2 / ksol: 0.407488 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→1.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.244 / Rfactor obs: 0.244 |