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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kcu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ANTIBODY PC287 | ||||||
要素 | (PC287 IMMUNOGLOBULIN) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / ANTI-PEPTIDE ANTIBODY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Nair, D.T. / Singh, K. / Siddiqui, Z. / Nayak, B.P. / Rao, K.V.S. / Salunke, D.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2002 タイトル: Epitope recognition by diverse antibodies suggests conformational convergence in an antibody response. 著者: Nair, D.T. / Singh, K. / Siddiqui, Z. / Nayak, B.P. / Rao, K.V. / Salunke, D.M. #1: ジャーナル: J.IMMUNOL. / 年: 2000 タイトル: Crystal Structure of an Antibody Bound to an Immunodominant Peptide Epitope: Novel Features in Peptide-antibody Recognition 著者: Nair, D.T. / Singh, K. / Sahu, N. / Rao, K.V. / Salunke, D.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE An appropriate sequence database match for the Immunoglobulin was not available at the ...SEQUENCE An appropriate sequence database match for the Immunoglobulin was not available at the time of processing. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kcu.cif.gz | 85.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kcu.ent.gz | 69.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kcu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kcu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23478.830 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23205.986 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9R1A4, UniProt: P01869*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 15% PEG 8K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19589 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 14215 / % possible obs: 85 % / Num. measured all: 157194 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.8 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 148770.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.8358 Å2 / ksol: 0.305654 e/Å3 | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | |||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 403 / Rfactor Rwork: 0.381 / Rfactor obs: 0.381 |