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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kac | ||||||
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タイトル | KNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12 IN COMPLEX WITH DOMAIN 1 OF ITS CELLULAR RECEPTOR CAR | ||||||
要素 |
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キーワード | Viral protein/receptor (ウイルス性) / ADHESION PROTEIN RECEPTOR COMPLEX (接着) / VIRAL PROTEIN-RECEPTOR COMPLEX (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / gamma-delta T cell activation / regulation of AV node cell action potential / germ cell migration / apicolateral plasma membrane / cell-cell junction organization ...AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / gamma-delta T cell activation / regulation of AV node cell action potential / germ cell migration / apicolateral plasma membrane / cell-cell junction organization / transepithelial transport / connexin binding / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / cardiac muscle cell development / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / bicellular tight junction / 介在板 / mitochondrion organization / cell adhesion molecule binding / 好中球 / acrosomal vesicle / filopodium / PDZ domain binding / Cell surface interactions at the vascular wall / 接着結合 / neuromuscular junction / beta-catenin binding / カプシド / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / integrin binding / virus receptor activity / 細胞結合 / cell body / heart development / 成長円錐 / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / defense response to virus / 細胞接着 / neuron projection / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / signaling receptor binding / host cell nucleus / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human adenovirus 12 (ヒトアデノウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1999 タイトル: Structural analysis of the mechanism of adenovirus binding to its human cellular receptor, CAR. 著者: Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kac.cif.gz | 72.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kac.ent.gz | 54.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kac.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/1kac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/1kac | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19944.477 Da / 分子数: 1 / 断片: KNOB / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human adenovirus 12 (ヒトアデノウイルス) 属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus A / Variant: SEROTYPE 12 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 / 参照: UniProt: P36711 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13640.500 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78310 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.2 / 詳細: 900MM AMMONIUM SULPHATE ON 100MM MES, PH 6.2 | ||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 24636 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 100 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.6→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 61 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.9 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 44.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.7 |