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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kac | ||||||
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タイトル | KNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12 IN COMPLEX WITH DOMAIN 1 OF ITS CELLULAR RECEPTOR CAR | ||||||
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機能・相同性 | ![]() AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / transepithelial transport ...AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / regulation of AV node cell action potential / gamma-delta T cell activation / apicolateral plasma membrane / germ cell migration / transepithelial transport / cardiac muscle fiber development / cell-cell junction organization / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of the mechanism of adenovirus binding to its human cellular receptor, CAR. 著者: Bewley, M.C. / Springer, K. / Zhang, Y.B. / Freimuth, P. / Flanagan, J.M. | ||||||
構造検証レポート | ![]() ![]() ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmcif形式 | ![]() ![]() ![]() |
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PDB形式 | ![]() ![]() |
PDBML Plus | ![]() |
その他 | ![]() |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 | γ α β
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19944.477 Da / 分子数: 1 / 断片: KNOB / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Mastadenovirus ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13640.500 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 % | ||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 6.2 / 詳細: 900MM AMMONIUM SULPHATE ON 100MM MES, PH 6.2 | ||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 24636 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 100 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 61 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.9 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 44.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.7 |