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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k5s | ||||||
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タイトル | PENICILLIN ACYLASE, MUTANT COMPLEXED WITH PPA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / NTN-HYDROLASE FOLD / HELICES (螺旋) / BETA-STRANDS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ペニシリンアミダーゼ / penicillin amidase activity / antibiotic biosynthetic process / ペリプラズム / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Hensgens, C.M.H. / Keizer, E. / Snijder, H.J. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2004 タイトル: Structural and kinetic studies on ligand binding in wild-type and active-site mutants of penicillin acylase. 著者: Alkema, W.B.L. / Hensgens, C.M.H. / Snijder, H.J. / Keizer, E. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k5s.cif.gz | 170.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k5s.ent.gz | 130.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/1k5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/1k5s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The alpha and beta unit together form the biological unit / the alpha and beta unit together form the biological relevant unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23838.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PAC / プラスミド: PEC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P06875, ペニシリンアミダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 62367.426 Da / 分子数: 1 / Mutation: F24A, V148L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PAC / プラスミド: PEC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P06875, ペニシリンアミダーゼ |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-GRO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: MOPS BUFFER, PEG MME 2K, PPA, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2020 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→30 Å / Num. all: 27684 / Num. obs: 26632 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.185 % / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Rsym value: 0.066 / % possible all: 95.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.43 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 58181 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 10.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PNK 解像度: 2.43→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: engh & huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.104 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.21 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.43 Å / Rfactor Rfree: 0.269 / Rfactor Rwork: 0.173 / Total num. of bins used: 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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