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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jgl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of immunoglobulin Fab fragment complexed with 17-beta-estradiol | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / four-center hydrogen bond / steroid (ステロイド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Lamminmaki, U. / Kankare, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of a recombinant anti-estradiol Fab fragment in complex with 17beta -estradiol. 著者: Lamminmaki, U. / Kankare, J.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of a recombinant Fab fragment in complex with 17-beta-estradiol 著者: Lamminmaki, U. / Kankare, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jgl.cif.gz | 103.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jgl.ent.gz | 77.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jgl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/1jgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/1jgl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23665.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCOMB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 blue / 参照: UniProt: Q920E6, UniProt: Q7TS98*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23460.309 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCOMB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 blue / 参照: GenBank: 2072131 |
#3: 化合物 | ChemComp-EST / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 詳細: PEG4000, PEG8000, Tris-HCl, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200HB / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 25614 / Num. obs: 25614 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / % possible all: 71.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Combination PDB entries 1TET (heavy chain variable domain)and 1FDL (light chain variable domain and both constant_1 domains) 解像度: 2.15→46.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 450405.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.54 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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